El uso de antibióticos deja huella a largo plazo en tu intestino
Cuando tomamos un antibiótico, sabemos que estamos eliminando las bacterias “malas” que nos causan enfermedades. Para eso los usamos, para curar enfermedades infecciosas que pueden incluso ser mortales. Lo que muchas veces olvidamos es que también estamos alterando profundamente a las bacterias “buenas” que viven en nuestro intestino: ese complejo ecosistema de miles de especies distintas, la microbiota intestinal. Una microbiota abundante y diversa está relacionada con un buen estado de salud. Por el contrario, el uso recurrente y prolongado de antibióticos se asocia con un mayor riesgo de obesidad, diabetes tipo 2, enfermedad cardiovascular o cáncer colorrectal.
Se sabe que unos días después de un ciclo de antibióticos orales, ocurre una drástica alteración en el microbioma intestinal, se reduce la diversidad de especies bacterianas y la riqueza de genes microbianos. Por ejemplo, se ha descrito una mayor abundancia de potenciales patógenos como Escherichia coli y una menor abundancia de géneros como Dialister, Veillonella y Eubacterium, un enriquecimiento de genes de resistencia antimicrobiana, y un mayor riesgo de infección por Clostridioides difficile.
¿Cuánto dura el efecto de los antibióticos en el microbioma intestinal?
Aunque estos efectos antimicrobianos a corto plazo son bien conocidos, no se han realizado investigaciones poblacionales a gran escala que examinen sus consecuencias a largo plazo. La gran pregunta es ¿cuánto duran estos efectos del consumo de antibióticos sobre el microbioma intestinal? Un estudio reciente publicado en Nature Medicine ha analizado casi 15.000 personas en Suecia y aporta una respuesta sorprendente: los efectos pueden durar hasta 8 años.
Hicieron un estudio a lo grande: analizaron el microbioma intestinal de muestras de heces de 14,979 adultos y cruzaron esos datos con la información del Registro Nacional de Medicamentos, que recoge todos los antibióticos y otros medicamentos recetados a pacientes ambulatorios en Suecia, y observaron qué pasaba en el microbioma intestinal durante 8 años. La técnica empleada de metagenómica de secuenciación profunda permite identificar las bacterias a nivel de especie. Esto es importante: no se trata de ver si hay más o menos bacterias, sino exactamente de quién está ahí. Así, se pudieron analizar alrededor de 1.340 especies bacterianas distintas.
Demostraron que los antibióticos reducen la diversidad bacteriana. El efecto más drástico ocurrió en el primer año tras el uso de los antibióticos, pero el impacto aún era detectable hasta 4-8 años después de tomar el antibiótico, en un 10-15% de las especies bacterianas.
No todos los antibióticos afectan por igual
Uno de los puntos más interesantes del estudio es que no todos los antibióticos afectan igual a la microbiota. Los más agresivos fueron la clindamicina, las fluoroquinolonas y la flucloxacilina. Por ejemplo, un solo tratamiento con clindamicina se asoció con la pérdida de hasta 47 especies bacterianas.
La clindamicina es un antibiótico que inhibe la síntesis de proteínas al unirse al ribosoma bacteriano. Se emplea especialmente para tratar infecciones graves causadas por bacterias anaerobias y Gram positivas. Las fluoroquinolonas son antibióticos de amplio espectro que inhiben la replicación del ADN al bloquear la enzima ADN girasa bacteriana. Se usan para infecciones graves urinarias y respiratorias. La flucloxacilina es una penicilina de espectro reducido que actúa contra algunas bacterias Gram positivas.
En cambio, otros antibióticos más comunes (como algunas penicilinas de amplio espectro y la nitrofurantoína) tuvieron efectos mucho más suaves. La mayoría de los antibióticos disminuían la abundancia bacteriana, mientras que algunos favorecían la aparición de patógenos oportunistas. En este caso, más es menos: cuantos más cursos de tratamiento con antibióticos, menor fue la diversidad bacteriana.
Una recuperación completa podría tardar años
Otro hallazgo interesante fue que la microbiota no se recupera del todo. Hasta ahora se pensaba que la microbiota vuelve a la “normalidad” después del tratamiento con antibióticos. Pero este estudio observa que, aunque la recuperación fue rápida en los primeros meses, después es lenta e incompleta y no siempre se vuelve exactamente a la microbiota original. Una recuperación completa podría tardar años, según el tipo de antibiótico. Cuanto mayor sea el efecto negativo en la biodiversidad bacteriana, más tiempo se tardará en recuperar la microbiota original. En algunos casos, incluso, se llega a un nuevo ecosistema en equilibrio diferente al original.
Por otra parte, una sola toma puede dejar huella. No hace falta tomar muchos antibióticos. Una sola tanda puede tener efectos detectables años después. Esto cambia bastante la narrativa clásica de “por una vez no pasa nada”. Algunos antibióticos tienen un mayor efecto en mujeres, quizá por factores hormonales.
Muchas de estas bacterias que cambian están relacionadas con la obesidad, la diabetes tipo 2, enfermedades cardiovasculares o enfermedad inflamatoria intestinal. Ojo: esto no significa que los antibióticos causen estas enfermedades directamente, pero sí que pueden influir en el ecosistema microbiano que las modula.
Entonces… ¿debemos dejar de usar antibióticos?
No. Y esto es clave. Los antibióticos salvan vidas y son imprescindibles en infecciones bacterianas. Aunque este estudio se ha hecho solo en Suecia, donde el uso de antibióticos está muy restringido y con un bajo nivel de resistencia a los antibióticos, los resultados refuerzan algo muy importante: los antibióticos hay que usarlos mejor, no más. Hay que evitar su uso innecesario, elegir el antibiótico adecuado y no prolongar tratamientos sin motivo. Recetar antibióticos de forma precisa ya no es solo para combatir la resistencia antimicrobiana, sino para preservar la biodiversidad del ecosistema intestinal del paciente y sus consecuencias en la salud metabólica y gastrointestinal a largo plazo.
Referencia: Antibiotic use and gut microbiome composition links from individual-level prescription data of 14,979 individuals. Baldanzi, G., et al. Nat Med (2026).
