Es muy difícil predecir cómo va a evolucionar el SARS-CoV-2, pero su biología nos puede dar algunas pistas.

En los últimos 40 años desde su descubrimiento, se estima que el VIH-1 ha infectado entre 56-100 millones de personas y que el SIDA ha causado entre 25-42 millones de muertes. A pesar del enorme progreso que se ha hecho en tratamientos y estrategias para prevenir la transmisión del VIH-1, se calcula que a finales de 2019 había entre 32-45 millones de personas conviviendo con este virus. Por otro lado, según datos de Johns Hopkins University (1/11/21), se calcula que hay más de 246 millones de casos de COVID-19 y 5 millones de muertos por la pandemia de SARS-CoV-2 (aunque probablemente las cifras sean mayores).

Ambos virus comparten algunas semejanzas, pero el estudio de su biología nos ayuda a entender las grandes diferencias en su control y tratamiento. ¿Por qué hemos conseguido vacunas contra SARS-CoV-2 en poco más de un año y para el VIH-1 todavía no tenemos ninguna aprobada? ¿Por qué llevamos 40 años luchando contra el VIH-1? ¿Podemos esperar lo mismo del SARS-CoV-2?

Estructura del VIH-1 y del SARS-CoV-2 (Fuente: ViralZone)

El VIH-1 es un retrovirus y el SARS-CoV-2 un coronavirus, ambos tienen su genoma formado por una sola cadena de RNA y están rodeados por una envoltura lipídica. Ambos son virus de animales que han saltado al ser humano (zoonosis), y ambos han acabado siendo pandémicos. VIH-1 se transmite principalmente por vía sexual y requirió varias décadas para tener una presencia y extensión global. Por el contrario, el SARS-CoV-2 es de transmisión respiratoria por aerosoles y ha acabado siendo pandémico en unos pocos meses desde su descubrimiento en enero de 2020.

Se ha publicado un estudio muy interesante en el que se comparan los patrones evolutivos entre estos dos virus pandémicos. En este trabajo se incluye una figura que muestra de un solo vistazo la enorme diferencia que existe en la variabilidad genética entre el VIH-1 y el SARS-CoV-2.

Variabilidad de las proteínas de la envoltura de VIH-1 (A) y de SARS-CoV-2 (B). En el panel derecho se muestra un alineamiento de las secuencias de aminoácidos de las proteínas Env del VIH-1 y S del SARS-CoV-2, de varios aislamientos. Los paneles de colores son una matriz en la que cada fila representa una sola secuencia de la proteína. Las columnas son las posiciones en una secuencia de alineación, donde las marcas de colores indican posiciones que varían en comparación con una secuencia de referencia y las posiciones en blanco una secuencia idéntica a la de referencia. Las secuencias están ordenadas de arriba a abajo de acuerdo con el árbol filogenético que aparece en el panel izquierdo. En el panel B se muestra con rayas verticales algunas mutaciones específicas que son compartidas por varias secuencias relacionadas (por ejemplo, A222V, N501Y, D614, …).

La enorme diferencia de color que se observa a simple vista al comparar ambos paneles (una enorme diversidad multicolor en el caso del VIH-1 en comparación con un panel casi blanco en el caso del SARS-CoV-2), muestra la diferencia en la variabilidad entre ambos virus. Para explicar estas grandes diferencias, los autores analizan el papel de las mutaciones puntuales, inserciones, deleciones y recombinaciones en la evolución de ambos virus.

Las mutaciones puntuales: diversidad en nucleótidos y aminoácidos

La enzima retrotranscriptasa del VIH-1 es una polimerasa de ADN dependiente de ARN, una enzima que comete muchos errores y que no tiene actividad correctora. Esa es una de las razones por las que los retrovirus, como el VIH-1, comparados con otras familias de virus con genoma ARN, tienen una tasa de mutación muy alta cada vez que se replican. Durante el curso de una infección por VIH-1, la población de virus que se replica se diversifica tan intensamente, que cada infección por VIH-1 es diferente: cada individuo es portador de una población diferente de VIH-1, una población que no contiene una única secuencia del genoma sino un conjunto de secuencias diferentes de las que se puede inferir una secuencia consenso. Por eso, con este tipo de virus no hablamos de “especies” sino de “cuasi-especies” víricas. Además, si se aísla y se secuencia el virus VIH-1 en un mismo individuo a lo largo de los años que le dura la infección, las secuencias consenso serán diferentes. Por ejemplo, la diversificación de la secuencia del gen de la proteína Env durante una infección crónica incluye mutaciones en las regiones más importantes y en regiones híper variables que afectan a la sensibilidad a los anticuerpos neutralizantes. Esta alta densidad de mutaciones en el gen de la proteína Env es una de las razones por las que obtener una vacuna contra el VIH sigue siendo un reto.

A diferencia de los retrovirus, los coronavirus tienen un mecanismo de corrección que repara los errores que ocurren durante la replicación del virus. Su enzima ARN polimerasa tiene actividad exonucleasa y es capaz de retirar los nucleótidos que se incorporan erróneamente, lo que tiene un efecto corrector en el fragmento de ARN que se va sintetizando. Es, por tanto, una polimerasa de alta fidelidad. Esta es una de las razones por las que su tasa de mutación es menor, y por las que el SARS-CoV-2 ha acumulado tan pocas mutaciones a lo largo de la pandemia.

Otro factor importante es que el pico de infectividad del SARS-CoV-2 es muy corto y ocurre al inicio de la infección (el tiempo en el que una persona puede contagiar a otra). Esto significa que hay muy poco tiempo para que el virus evolucione in vivo en un individuo antes de que se transmita. Hay muy poca presión selectiva por parte del sistema inmune durante la infección, sencillamente porque dura muy poco. La combinación de estos dos factores (mecanismos de corrección y periodo de infectividad muy corto) explican los bajos niveles de diversidad del SARS-CoV-2 observados durante la COVID-19.

Por el contrario, en el caso del VIH-1, recordemos que el periodo en el que una persona infectada puede transmitir el virus es mucho mayor, el virus en este caso tiene mucho más tiempo para evolucionar en el interior de la persona infectada. Por eso, la evolución del VIH-1 dentro del hospedador es muy grande: comienza al inicio de la infección y continua a lo largo de años que dura la infección crónica. Durante ese tiempo, la selección que ejerce el sistema inmune conduce a la diversificación del virus. En este caso, la selección natural puede actuar decisivamente hacia mutaciones favorables para el virus. HIV-1 es un retrovirus y su material genético puede permanecer latente en forma de provirus en las células infectadas, lo que hace muy difícil su eliminación. Como infección crónica el HIV-1 puede continuar evolucionando bajo la presión del sistema inmune en cada individuo infectado. Por el contrario, la infección por SARS-CoV-2 lo normal es que desaparezca rápidamente, en la mayoría de las personas.

Ojo, esto no quiere decir que el SARS-CoV-2 no mute, todos los virus mutan, los virus viven mutando y de hecho se han descrito miles de mutantes de SARS-CoV-2. En este momento hay más de 4,8 millones de secuencias en la base de datos GISAD. Pero si lo comparamos con el VIH-1, uno de los campeones de la variabilidad, podemos afirmar que su frecuencia de mutación es mucho menor. A lo largo de la pandemia se han ido describiendo la aparición de variantes del SARS-CoV-2, que se diferencian del primer aislamiento de Wuhan en algunas mutaciones en su secuencia. Cada variante corresponde a un linaje que continúa evolucionando añadiendo mutaciones puntuales a lo largo del tiempo. Un linaje es, por tanto, una línea directa de descendencia, siendo cada nueva variante el resultado directo de la evolución desde una variante anterior. En SARS-CoV-2 solo se han descrito variantes, no cepas o serotipos. El término cepa se emplea cuando el número de mutaciones es de tal envergadura que supone un cambio sustancial en la biología del virus.

Mutaciones más importantes en los distintos linajes del SARS-CoV-2. (Fuente: Ministerio de Sanidad)

Además, distintas variantes comparten algunas mutaciones en particular. Las más significativas son las que ocurren en el Dominio de Unión al Receptor de la proteína S porque pueden influir en la infectividad del virus y en la neutralización por anticuerpos. Así, por ejemplo, la mutación N501Y, detectada por primera vez en el linaje B.1.1.7 (variante Alfa), se encuentra también en los linajes B.1.351 (variante Beta, Sudafricana) y P.1 (variante Gamma, Brasileña); la mutación L452R se encuentra en los linajes B.1.427 y B.1.429 aislados en California (variante Epsilon) y más recientemente en los linajes derivados de B.1.617 de la India (variante Kappa); la mutación E484K se encuentra en los linajes B.1.351, P.1, y en el sublinaje A.23.1 aislada en Reino Unido; dos mutaciones distintas en el aminoácido K417, K417T y K417N, aparecen en los linajes P.1 y B.1.351, respectivamente; el linaje B.1.351 comparte una mutación A701V con la variante B.1.526 aislada por primera vez en Nueva York. (Una descripción detallada de mutaciones, linajes y variantes se puede encontrar en este enlace de la ECDC).

Todo esto, que una mutación simple se expanda en varios linajes diferentes, sugiere un fenómeno de evolución convergente, en el que la mutación ayuda a que el linaje se vaya expandiendo: varias de estas mutaciones suponen cierta ventaja para el virus. Además, la observación de múltiples mutaciones en un linaje sugiere que este efecto ventajoso puede ser acumulativo.

Inserciones y deleciones

Las mutaciones puntuales pueden alterar el perfil antigénico y la infectividad en ambos virus, pero los cambios evolutivos y adaptativos también ocurren por inserciones o deleciones y recombinaciones de fragmentos del genoma. En el caso del VIH-1, la proteína Env contiene varias regiones hiper variables que tienen una extraordinaria capacidad de cambiar por fenómenos de inserción y deleción. Estos cambios afectan significativamente a la conformación de la proteína, su carga neta, y su interacción con azúcares que influyen en el grado y tipo de glucosidación. Esto juega un papel muy importante en la resistencia a los anticuerpos neutralizantes, por ejemplo.

En SARS-CoV-2 también se han descrito algunas inserciones y deleciones en el gen de la proteína S. Por ejemplo, la deleción DH69/V70 y la DY144 (D144) en el dominio N terminal de la proteína, ambas en el linaje B.1.1.7, han podido contribuir a su extensión en algunas regiones. Otra deleción, DL242/A243/L244 (D242–244), se ha encontrado en el linaje B.1.351. Aunque estas deleciones pueden tener consecuencias en la proteína S, no parece que hayan tenido un gran impacto entre las variantes, hasta el momento.

Los glucanos superficiales

Ambas proteínas de la superficie, la espícula S del SARS-CoV-2 y la Env del VIH-1, están altamente glucosidadas, unidas con glucanos. Estos azúcares decoran la superficie de las proteínas, ocupan un gran volumen y afectan a la topología de la proteína. Estos glucanos son una mezcla heterogénea de distintos tipos, se combinan entre ellos y forman un escudo o barrera física que bloquea o impide en acceso de los anticuerpos a la superficie de la proteína. Las mutaciones que modifican directamente la secuencia de aminoácidos de estas proteínas pueden tener también un efecto en su interacción con los glucanos que decoran su superficie, lo que a su vez podría afectar significativamente a la sensibilidad a los anticuerpos neutralizantes.

Comparación estructural de las glicoproteínas Env del VIH-1 y S del SARS-CoV-2. Los glucanos aparecen coloreados. (Fuente: referencia 1)

En el caso del VIH-1, la proteína Env está densamente cubierta por glucanos y se sabe que un cambio de posición de los mismos puede resultar en un cambio significativo en la resistencia a los anticuerpos neutralizantes. Sin embargo, en SARS-CoV-2 la densidad de glucosidación de la proteína S es mucho menor, la proteína está en proporción menos recubierta por glucanos, por lo que el dominio amino terminal y la región de unión al receptor están relativamente más expuestas. La variación en los sitios de glucosidación en la proteína S de SARS-CoV-2 es un tema que se ha comenzado a estudiar y habría que ver si las mutaciones en la proteína S afectan a su glucosidación y son inmunológicamente relevantes o influyen en la epidemiología de la enfermedad.

La recombinación

La recombinación o mezcla de fragmentos del genoma es también un mecanismo importante en la evolución de los virus ARN, también en los retrovirus y en los coronavirus. En concreto, ha jugando un papel crítico en la evolución del VIH-1. Se reconocen varios grupos distintos de VIH-1 (M, N, O y P) y dentro del grupo M, responsable del 97% de los casos de SIDA, se han descrito hasta nueve subtipos genéticos distintos, designados con las letras A, B, C, D, F, G, H, J y K, además de cien formas circulantes recombinantes (denominadas CRF, Circulating Recombinant Forms) que surgen por mezcla o recombinación de los otros grupos. La recombinación, por tanto, también es un mecanismo evolutivo importante en el curso de la infección natural por VIH-1 en un individuo.

En los coronavirus también se han descrito fenómenos de recombinación, incluso entre diferentes grupos y se ha relacionado con el origen del SARS-1, MERS y SARS-CoV-2. Además, varios estudios han encontrado fenómenos de recombinación entre algunas variantes del SARS-CoV-2, como por ejemplo los relacionados con la variante sudafricana B.1.351.

Conclusión

Las vacunas contra VIH-1 siguen siendo un gran reto, en parte por la dificultad de los anticuerpos para penetrar el escudo de glucanos, y en parte por la tremenda diversidad del virus. Además, el hecho de que el VIH-1 quede latente en forma de provirus en el interior del núcleo de las células que infecta, hace muy difícil su eliminación usando antiretrovirales o terapia inmune. Por eso, el SIDA sigue siendo un reto.

En el caso del SARS-CoV-2 han ido apareciendo algunas mutaciones en la proteína S, pero está por ver el impacto real que tendrán esas mutaciones en la respuesta individual frente a la COVID-19. Algunas de estas mutaciones han hecho al virus más infectivo y transmisible proporcionándole una ventaja selectiva, que ha hecho, por ejemplo, que la variante Delta se haya impuesto a las demás. A partir de ahora es muy probable que el SARS-CoV-2 se mueva entre la población vacunada o que ya ha pasado la enfermedad. Esta nueva situación podría ejercer una presión selectiva nueva por lo que la evolución del virus se podría ver alterada, … pero no sabemos cómo. Es muy difícil predecir cómo va a evolucionar este virus. No podemos descartar la aparición de nuevas variantes incluso más transmisibles que Delta, quizá más patógenas o que “escapen” del control de las actuales vacunas, pero vista la biología del virus no parece lo más probable. En comparación con VIH-1, en SARS-CoV-2 la parte de la proteína S más importante ha acumulado relativamente pocas mutaciones y esas regiones siguen siendo vulnerables a los anticuerpos. La respuesta de anticuerpos que generan las vacunas basadas en la proteína S es muy potente y se dirige a múltiples zonas de la proteína, por lo que cabe esperar que las vacunas protejan contra estas variantes que tienen un número modesto de mutaciones. Tampoco hay que olvidar el papel fundamental de la inmunidad celular, mucho más compleja, potente y duradera.

Referencia: HIV-1 and SARS-CoV-2: Patterns in the evolution of two pandemic pathogens. Fischer W, et al. Cell Host Microbe. 2021.29(7):1093-1110. doi:10.1016/j.chom.2021.05.012.

El pasado 14 de mayo, un grupo de científicos de universidades como Harvard, Chicago, Toronto, Cambridge, Yale, Stanford, Berkeley y del California Institute of Technology y Massachusetts Institute of Technology, publicaron una carta en la revista Science que la que solicitaban seguir estudiando sobre el origen del SARS-CoV-2: “Debemos tomar en serio las hipótesis sobre el origen tanto natural como de laboratorio hasta que tengamos suficientes datos. La investigación debe ser transparente, objetiva, basada en datos, que incluya una amplia experiencia, que esté sujeta a una supervisión independiente y que se gestione de manera responsable para minimizar el impacto de los conflictos de intereses. Las agencias de salud pública y los laboratorios de investigación deben abrir sus registros al público. Los investigadores deben documentar la veracidad y la procedencia de los datos a partir de los cuales se realizan los análisis y se extraen las conclusiones, de modo que los análisis sean reproducibles por expertos independientes”.

Qué pasa, ¿qué ahora todos se han vuelto negacionistas y conspiranoicos?

– Si me preguntas, ¿es posible hoy en día crear un nuevo virus artificial en el laboratorio? 

La respuesta es, si (mira por ejemplo Synthetic recombinant bat SARS-like coronavirus is infectious in cultured cells and in mice).

– ¿Es posible que un virus se escape de un laboratorio de seguridad? 

La respuesta es, si (mira por ejemplo Laboratory-acquired severe acute respiratory síndromeo Brucellosis confirmed in 65 people from Lanzhou veterinary institute o El descubrimiento del virus Marbug).

Entonces, ¿el SARS-CoV-2 se ha creado artificialmente y se ha escapado de un laboratorio? No podemos descartarlo, pero lo más probable es que no. Una cosa es que sea posible, otra distinta qué es lo más probable.

Los coronavirus son virus de animales

Los coronavirus (CoV) de animales se conocen desde finales de los años 30 (del siglo pasado). Son una gran familia dentro de los virus, compuesta por cuatro géneros (alfa, beta, gamma y delta-CoV). El género beta-CoV contiene a la mayoría de los que infectan a humanos y se subdivide a su vez en cuatro linajes (A, B, C y D). El origen de la mayoría de los alfa y beta-CoV está en los murciélagos y roedores, mientras que las aves son el mayor reservorio natural de los gamma y delta-CoV. Desde hace miles de años, los CoV han estado constantemente cruzando la barrera entre especies. 

(Fuente: Profesión Veterinaria, 23(94), Julio-Octubre 2020)

Una de las características de los coronavirus es su tremenda capacidad de saltar de una especie animal a otra

Los CoV causan, principalmente, enfermedades respiratorias y gastrointestinales en muchos animales de granja y domésticos: el virus de la bronquitis infecciosa de las aves, el coronavirus respiratorio canino, la hepatitis murina, el coronavirus bovino, el virus de la gastroenteritis transmisible en cerdos, la peritonitis infecciosa felina y un largo etcétera. Los CoV se aíslan de aves, ratones, ganado vacuno, cerdos, gatos, perros, animales silvestres, …. Uno de los animales que más tipos diferentes de coronavirus alberga y que, por tanto, actúa como un almacén o reservorio natural de este tipo de virus son … los murciélagos. Se han identificado más de 200 tipos distintos de CoV en los murciélagos y el 35% del viroma (el conjunto de genomas de virus) del murciélago son CoV. (Por cierto, los murciélagos no son roedores, son los únicos mamíferos voladores, de los que existen más de 1.200 especies distintas, representan aproximadamente un 20% de todas las especies de mamíferos, y están presentes en todos los continentes, excepto en la Antártida. Algunas de sus colonias pueden albergar cientos de miles de individuos). 

Los coronavirus humanos

En 1965 se describieron un nuevo tipo de virus respiratorios humanos, “parecidos al virus de la gripe”, muy difíciles de cultivar en el laboratorio y que solo se podían detectar infectando voluntarios. La naturaleza exacta de esos virus era un misterio, hasta que en 1967, una mujer, June Almeida, desarrolló un nuevo método para poder verlos por microscopía electrónica. La técnica, absolutamente novedosa, consistía en emplear anticuerpos marcados que se unían a las partículas virales y así poderlas ver al microscopio. Las imágenes que los investigadores obtuvieron les recordaban al halo que se observa en el sol, la corona solar y decidieron llamarlos corona-virus. Habían nacido un nuevo tipo de virus respiratorios: los coronavirus humanos (HCoV).

En humanos, además del SARS-CoV-2, se conocen otros seis coronavirus que causan enfermedad. Cuatro de ellos causan una infección leve y se denominan seguido de un código: HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63 y HCoV-HKU1. El 30% de los catarros comunes están producidos por estos cuatro coronavirus, en algunos casos también cursan con trastornos digestivos, y en niños y personas mayores inmunocomprometidas pueden llegar a ser graves. Su distribución es global y tienden a ser estacionales (invierno en climas templados). El primero que se descubrió fue el HCoV-229E, que se aisló del tracto respiratorio de un paciente en 1966. Al año siguiente, se aisló el HCoV-OC43. A finales de 2004 se descubrió un nuevo CoV, HCoV-NL63 aislado de un bebé de siete meses en Holanda. Se ha encontrado sobre todo en niños pequeños, ancianos y personas inmunocomprometidas. El mismo año se aisló el HCoV-HKU1 de un paciente de 71 años hospitalizado por neumonía y bronquiolitis en Hong Kong.

En 2002, se describió el SARS-CoV (8.096 casos y 774 muertos) que causaba una neumonía aguda y severa. Se extendió por 27 países. Diez años después, en 2012 apareció el MERS-CoV, un nuevo coronavirus que causó el síndrome respiratorio de Oriente Medio, y que aunque infectó a menos personas, unas 2.500, su letalidad fue mucho mayor, de hasta el 35%. El MERS-CoV todavía se aísla de forma esporádica.

Todos estos HCoV tiene un origen animal. HCoV-NL63, HCoV-229E, SARS-CoV y MERS-CoV se han originado en CoV de murciélagos, mientras que el origen de HCoV-OC43 y HCoV-HKU1 está en los roedores.

(Fuente: Profesión Veterinaria, 23(94), Julio-Octubre 2020)

A este tipo de virus que infectan al ser humano pero que tienen un origen animal se les denomina zoonóticos. Más del 70% de los patógenos humanos emergentes son de origen animal.

En este salto desde el murciélago o el roedor al ser humano ha habido otros animales que han actuado como intermediarios y donde los virus se han ido adaptado para infectar al ser humano: las civetas y los mapaches en el caso del SARS-CoV, los dromedarios en MERS-CoV, o el ganado vacuno en HCoV-OC43. Murciélagos y roedores actuarían, por tanto, como reservorio natural o lugar donde los ancestros de estos HCoV viven y se multiplican y son el origen común de infecciones en otros animales. En los hospedadores intermedios, los CoV se irían adaptado al ser humano.

Actualmente, los HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63 y HCoV-HKU1 están muy adaptados al ser humano, son fácilmente transmisible y causan infecciones leves. Por el contrario, SARS-CoV y MERS-CoV son mucho más patógenos, no están tan bien adaptados y por eso su transmisión entre humanos no es tan frecuente (desde 2004 no se ha vuelto a detectar ningún caso de SARS-CoV, y los brotes de MERS-CoV siguen estando asociados al contacto con dromedarios que actúan como reservorio intermedio del virus).

La familia de coronavirus es muy diversa, se mezclan entre ellos y saltan de una especie animal a otra. No podemos descartar por tanto, que otro nuevo coronavirus como SARS-CoV y MERS-CoV vuelva a aparecer y a darnos problemas.

El origen de SARS-CoV-2

Una de las zonas del genoma más interesantes del SARS-CoV-2 para investigar su origen es la que codifica para la proteína S, porque es la más variables y porque su función es esencial para la entrada en la célula. La proteína S (de spike) forma esas espículas que se proyectan hacia al exterior y que le dan el nombre al corona-virus. El SARS-CoV-2 inicia la entrada en las células humanas después de que la proteína S se una al receptor de la membrana celular, que en este caso es el ACE2. La función biológica de este receptor ACE2 es la maduración de la angiotensina, una hormona que controla la vasoconstricción y la presión arterial. ACE2 es una proteína de membrana que se expresa en pulmones, el corazón, los riñones y el intestino.

La proteína S es la llave de entrada del virus a la célula y la cerradura en la célula es el receptor ACE2. Los modelos en 3D demuestran que en este proceso, la proteína S se divide en dos subunidades, S1 y S2, que se separan por la acción de una enzima de la célula con actividad proteasa, que se denomina furina. Así, S1 se une a su receptor ACE2 y el otro fragmento S2 es escindido a su vez por otra proteasa de la superficie de la célula humana, denominada TMPRSS2. Como resultado la envoltura de virus se fusiona con la membrana de la célula y el virus entra en su interior. Por tanto, la subunidad S1 se encarga de la unión al receptor, mientras que S2 es responsable de la fusión de las membranas.

Modelo en 3D de la proteína S de SARS-CoV-2 (Fuente).

Los análisis estructurales, genómicos y bioquímicos de esa proteína S nos permiten estudiar este proceso en detalle y demuestran que SARS-CoV-2 posee dos particularidades importantes, que pueden relacionarse con su origen.

1. El dominio RBD de la proteína S tiene una alta afinidad por el receptor ACE2

En primer lugar, la proteína S de SARS-CoV-2 posee una secuencia que se denomina RBD (dominio de unión al receptor), la parte más variable del genoma del virus, en la que hay seis aminoácidos que son esenciales para unirse al receptor ACE2. Si comparamos esa secuencia entre SARS-CoV-2 y el SARS-CoV, solo un aminoácidos de esos seis es común. La proteína S de SARS-CoV-2 tiene, por tanto, un dominio RBD que se une con una muy alta afinidad al receptor ACE2 de humanos, pero también de otras especies animales con una alta homología en ese receptor, como hurones o gatos. Esta alta afinidad por el receptor ACE2 probablemente influye en la alta capacidad de infectar las células que tiene este virus. Sin embargo, los análisis computacionales indican que ese dominio no es el mejor posible para unirse al receptor, teóricamente puede haber otras combinaciones que sean aún más eficaces para unirse al receptor. Esto sugiere que esa secuencia ha surgido por un proceso de selección natural a lo largo de pases del virus entre personas o animales. Si fuera un producto manipulado por ingeniería genética, lo habríamos hecho mejor. Si alguien hubiera diseñado este nuevo virus para que fuera patógeno lo hubiera hecho mejor.

2. La proteína S posee una secuencia de corte por furina

La otra particularidad de la proteína S de SARS-CoV-2 tiene que ver con el sitio de unión entre esas dos subunidades, S1 y S2, de las que está formada. En SARS-CoV-2 esa proteína S tiene una secuencia entre esas subunidades que permite el corte por la enzima de la célula, la furina, y por otras proteasas. Eso determina la infectividad del virus y su rango de hospedador, a qué células o animales puede infectar. Aunque algunos HCoV, como el HKU1, también tienen esa característica, el sitio de corte por furina no es muy frecuente en todos los coronavirus, y menos en los del grupo beta, al que pertenece el SARS-CoV-2. Esta secuencia tan peculiar, ¿podría ser fruto de la manipulación genética del virus? Si lo comparamos con lo que ocurre en el virus de la gripe, muy probablemente se haya generado también por selección natural.

Características de la proteína S de SARS-CoV-2 y otros coronavirus relacionados. Se detalla de forma progresiva la secuencia de nucleótidos del genoma, la secuencia de aminoácidos de la proteína S con sus dos subunidades S1 y S2, el dominio de unión al receptor (RBD) y la zona de corte por furina (polybasic clevage site). (Fuente)

En algunos virus de la gripe aviar se ha visto que en situaciones de alta densidad de poblaciones de aves, se selecciona de forma natural este tipo de secuencias de corte en la hemaglutinina de la envoltura (similar a la proteína S del coronavirus). Esto hace que el virus se replique más rápidamente y sea más transmisible. Así es cómo algunos virus de gripe aviar de baja patogenicidad se convierten en virus de alta patogenicidad. También se ha observado la adquisición de estos sitios de corte en la hemaglutinina después de pases repetidos del virus en cultivo celular o en animales. Por lo tanto, esta nueva propiedad es fruto de la selección natural. Lo mismo ha podido ocurrir en el coronavirus.

Si el origen del genoma de SARS-CoV-2 fuera la ingeniería genética, muy probablemente se habrían empleado algunos sistemas genéticos ya presentes en otros beta-CoV y los datos no demuestran nada de esto. Por el contrario, lo más probable es que estas dos características del virus sean fruto de la selección natural y para ello hay dos posibles escenarios: que se haya seleccionado en un animal antes de transferirse al ser humano; o que la selección haya ocurrido en el ser humano después de su transferencia desde un animal.

3. Selección en un animal antes de transferirse a humanos

Desde el inicio, el origen de SARS-CoV-2 se ha relacionado con el mercado de animales vivos de Wuhan. Cuando se comparan los genomas de los CoV, el más parecido al SARS-CoV-2 es el aislado de un murciélago en Yunnan (China) en 2013, el genoma RaTG13 de Rhinolophus affinis, con más de un 96% de identidad. Sin embargo, cuando se compara la zona RBD de la proteína S difieren significativamente. En otros estudios, se han analizado muestras de varios pangolines (Manis javanica) que llegaron a China por contrabando entre 2017 y 2018, y han detectado coronavirus con una similitud entre el 85 y el 92% con el SARS-CoV-2. Aunque el virus del murciélago sigue teniendo una homología a nivel del genoma mayor, la similitud entre el SARS-CoV-2 y los coronavirus del pangolín era especialmente alta en el dominio RBD de la glicoproteína S, incluidos los seis aminoácidos característicos de esa zona en SARS-CoV-2. Esto refuerza la idea de que la optimización de la proteína S para unirse al receptor ACE2 humano es fruto de la selección natural y no de ingeniería genética o de pases sucesivos del virus en un laboratorio.

Sin embargo, ni los coronavirus de murciélagos ni los de los pangolines tienen el sitio de corte de furina en la proteína S. Los coronavirus son muy frecuentes entre estos y otros animales y es muy probable que todavía no hayamos dado con el precursor animal del SARS-CoV-2. No podemos descartar que fenómenos de mutación, inserción y deleción hayan ocurrido de forma natural en el gen S en algún otro animal, probablemente con alta densidad de población y con un receptor ACE2 similar al humano. 

4. Selección en humanos después de su transferencia desde un animal

Otra posibilidad es que el SARS-CoV-2 haya adquirido esas características mientras se transmitía de forma indetectable entre humanos. Todos los genomas de SARS-CoV-2 secuenciado hasta ahora demuestra que tienen un origen clonal a partir de un ancestro común en Wuhan, muy probablemente a principios de noviembre de 2019. La presencia en los pangolines del mismo dominio RBD en la proteína S sugiere que esa característica ya estaba en el virus antes de su salto a humanos. Quizá, entonces, el sitio de corte por furina fue el que se seleccionó durante la transmisión entre humanos. Esto presupone que el virus estaba presente antes de noviembre de 2019 y que se transmitía entre nosotros de forma indetectable durante un tiempo. Eso ahora no lo sabemos, pero sería muy interesante si somos capaces de hacer estudios retrospectivos y comprobar si realmente el virus circulaba entre nosotros antes de su estallido en Wuhan a finales de 2019.

El hecho de que SARS-CoV-2 entró en los seres humanos a partir de un origen animal implica que la probabilidad de futuros brotes es muy alta, ya que virus similares siguen circulando en la población animal y podrían volver a saltar a los seres humanos.

Como vemos las peculiares características de SARS-CoV-2 ya estaban en la naturaleza y no hay que imaginar experimentos de laboratorio para explicar su origen. Conocemos menos del 1% de los virus que hay ahí fuera y más del 70% de los nuevos virus emergentes tienen su origen en los animales. Los virus son millones de millones de “individuos”, que se multiplican a una velocidad enorme y con una frecuencia de mutación y recombinación extraordinaria. Los virus no es que muten, es que viven mutando. En ellos, la evolución va a cámara rápida. La naturaleza tiene suficientes recursos como para generar este y otros muchísimos virus.

5. SARS-CoV-2 en animales

Otro dato interesante es que hay una gran cantidad de animales que o son susceptibles a una infección experimental con SARS-CoV-2 o lo han adquirido de forma natural. Entre los que se han podido infectar experimentalmente están: gatos domésticos, perros, hurones, visones, hámster, algunas especies de ratas y ratones, macacos, mono verde africano, musarañas, murciélagos frugívoros, mapaches, conejos de laboratorio, ganado bovino, …. Por el contrario, no se ha conseguido infección experimental en ardillas, perros de la pradera, ratones domésticos y un tipo de murciélagos gigantes marrones. Los estudios con ratones de laboratorio mostraron que aunque no eran susceptibles a una infección experimental con la cepa ancestral de SARS-CoV-2, dos variantes que han surgido en humanos sí que dieron lugar a la replicación del virus en los pulmones. Este es un hallazgo importante, ya que demuestra que el rango de hospedadores de SARS-CoV-2 puede ampliarse conforme el virus vaya evolucionando y vayan surgiendo nuevas variantes.

Por otra parte, se han demostrado infecciones adquiridas naturalmente de SARS-CoV-2 en perros, gatos y hurones en entornos domésticos, en tigres, leones, pumas y leopardos en colecciones zoológicas, en gorilas y en granjas de visón americano. De momento, las granjas de visones son la única evidencia de mantenimiento de una infección adquirida naturalmente en una población animal y salto a los humanos.

Lo más probable es un origen natural, pero ¿es posible otra hipótesis?

A pesar de todo lo que acabamos de decir, es verdad que hay dudas razonables sobre qué se hacía y cómo se trabajaba en el Instituto de Virología de Wuhan.

China tardó ¡un año! (14 de enero de 2021) en permitir que un equipo internacional de la OMS visitara Wuhan para investigar sobre el origen del virus. Su conclusión fue que «muy probable» el SARS-CoV-2 tuviera un origen animal, aunque no se sabe cuál. Desgraciadamente, fue el Gobierno chino el que recogió los datos y las muestras y recopiló toda la información, mientras que el equipo internacional solo pudo trabajar sobre esos datos e informes.

Por otra parte, se sabía que desde antes de 2008, se venían realizando experimentos de manipulaciones genéticas de los coronavirus SARS y MERS, denominadas “ganancias de función”, para mejorar su capacidad de infección y transmisión.

Desde 2014, el Gobierno estadounidense había establecido una moratoria a la financiación de este tipo de experimentos por su peligrosidad y un potencial pandémico.

En marzo de 2020, los máximos responsables del Instituto señalaron que ningún trabajador del mismo había dado positivo en los tests de detección del SARS-CoV-2. Pero, recientemente se ha hecho público que al menos tres científicos del Instituto enfermaron con síntomas compatibles de COVID-19 un mes antes del anuncio oficial de la existencia de un nuevo coronavirus, por lo que sigue habiendo serias dudas sobre el nivel de bioseguridad del Instituto. En un informe de 2018 de técnicos del Departamento de Estado de EE.UU. para verificar la bioseguridad de las instalaciones del Instituto, se mostraba la preocupación por la falta de seguridad, debilidades de gestión del laboratorio y falta de personal especializado, y describía que muchos de los trabajos no se hacían dentro de las instalaciones de BSL4.

CONCLUSIÓN: con los datos que tenemos en este momento, la hipótesis más probable es que el SARS-CoV-2, como el resto de CoV humanos, sea de origen natural, a partir de un reservorio natural de CoV de murciélagos y a través de alguna especie intermedia (todavía sin identificar) donde se fue adaptando al ser humano. La naturaleza tiene suficiente recursos para generar este y cualquier otro virus. Sin embargo, la tremenda opacidad y falta de trasparencia del Gobierno Chino hace que no se pueda descartar como hipótesis, menos probable pero posible, un origen en el laboratorio. Solo una investigación transparente, objetiva, basada en datos, e independiente nos dirá la verdad.  

Referencias:

– The proximal origin of SARS-CoV-2. Andersen, K.G., et al. Nat Med (2020). https://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9

– Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2. Renhong Y., et al. Science  27 Mar 2020. Vol. 367, Issue 6485, pp. 1444-1448.

– Zoonotic origins of human coronaviruses. Ye, Z-W, y col. Review Int J Biol Sci. 2020 Mar 15;16(10):1686-1697. doi: 10.7150/ijbs.45472.

– Zoonotic origins and animal hosts of coronaviruses causing human disease pandemics: A review. Latif, AA, y col. Review Onderstepoort J Vet Res. 2020 Dec 21;87(1):e1-e9. doi: 10.4102/ojvr.v87i1.1895.

– Natural selection versus creation: a review on the origin of SARS-COV-2. Barh, D., y col. Review Infez Med. 2020 Sep 1;28(3):302-311.

– TWiV 762: SARS-CoV-2 origins with Robert Garry (May 30, 2021).

Dicho esto, comenzamos. La norma general es que las vacunas no son intercambiables y que solo se hace en casos muy excepcionales. Algunas razones para combinar vacunas distintas pueden ser que no se dispongan de más dosis de la primera vacuna o que se desconozca el fármaco que se aplicó en primer lugar. Tienen que ser vacunas que estén autorizadas con la misma dosis para la misma población y con el mismo antígeno. Esto último no se cumple en el caso de la vacuna de Oxford/AstraZeneca (ahora Vaxzevria) que está basada en vectores de adenovirus y la de Pfizer/BioNTech (también denominada Comirnaty) de RNA mensajero, aunque ambas inducen respuesta contra la misma proteína S del virus. Por eso, lo recomendable en este caso es hacer antes algunos ensayos clínicos para comprobar qué efecto tiene combinar ambas formulaciones. No se puede descartar que la combinación proporcione un mayor nivel de inmunidad y que sea más duradera.

Com-COV

En Reino Unido comenzaron hace unos meses un ensayo clínico (denominado Com-COV) para comprobar qué efecto tenía combinar ambas vacunas. En un principio, la razón de este trabajo no ha sido los pocos casos de trombosis que se han asociado a la vacuna de AstraZeneca (ver Trombocitopenia inmune trombótica inducida por la vacuna) sino estar preparados para una posible falta de suministro de vacunas, que pudiera suplirse combinando vacunas con distintas formulaciones. 

Recientemente, The Lancet ha publicado un resultado preliminar de este estudio. Los datos definitivos se esperan para el mes de Junio. Han participado 830 voluntarios, mayores de 50 años. Se han hecho cuatro grupos diferentes según la combinación de las dos dosis: AstraZeneca+AstraZeneca, AstraZeneca+Pfizer, Pfizer+Pfizer, Pfizer+AstraZeneca. Se ha probado también el efecto de dar la segunda dosis a los 28 o a los 84 días después de la primera. Lo que se ha publicado ahora son los resultados de reactogenicidad, las reacciones adversas leves que ocurren en las primeras 24-48 horas después de la vacunación. Según esta publicación, los casos de febrícula, dolores musculares o articulares y fatiga generalizada llegan a triplicarse entre los que recibieron una combinación de Pfizer y AstraZeneca, frente a los que fueron vacunados con la misma fórmula las dos veces. Estos efectos secundarios no llegaron a ser graves, eran de corta duración y se aliviaban con paracetamol. Ninguno requirió hospitalización. El ensayo continúa para comprobar el efecto de la combinación en la generación de anticuerpos (lo que se denomina inmunogenicidad). Una limitación de este estudio, que comentan los propios autores, es que se ha realizado en mayores de 50 años y que los efectos secundarios más graves suelen ocurrir en menores de esa edad. Han comenzado también otros estudios en los que combinan además las vacunas de Moderna y de Novavax.

CombiVacs

Es el ensayo español, coordinado por el Instituto de Salud Carlos III y presentado ayer en rueda de prensa. Se trata de un estudio muy básico en fase II para comprobar, como en Com-COV, la reactogenicidad (reacciones adversas leves que ocurren en las primeras 24-48 horas después de la vacunación) e inmunogenicidad (generación de anticuerpos específicos contra el virus). Ha involucrado un total de 663 voluntarios que ya habían recibido la primera dosis de AstraZeneca: a 442 les han dado una segunda dosis de Pfizer y a la los otros 221 sin segunda dosis. El rango de edad ha sido entre 18 y 59 años. Está previsto que el estudio dura doce meses. Ahora han presentado los resultados preliminares obtenidos después de dos semanas de haber inoculado la segunda dosis. Este estudio lo único que aporta es que los síntomas leves a las 24-48 horas después de la segunda dosis son los esperables y que hay un aumento de anticuerpos IgG contra la proteína S del virus neutralizantes. Ambos resultados eran los esperables (siempre hay una aumento de respuesta inmune después de una segunda dosis de cualquier vacuna). Nada más se puede concluir de este ensayo. 

Sorprende que no se hayan incluido otros grupos control, comparar por ejemplo AstraZeneca+AstraZeneca, AstraZeneca+Pfizer, Pfizer+Pfizer, Pfizer+AstraZeneca, como ha hecho el ensayo Com-COV, e incluso con una sola dosis de ambas vacunas. Este ensayo, por tanto, no avala la segunda dosis de Pfizer en los vacunados con AstraZeneca.

Si realmente quieres concluir algo, TODO ensayo experimental debe tener SIEMPRE sus propios controles y no vale “usar” los controles o resultados de otros experimentos

En conclusión, ambos estudios, Com-COV y CombiVacs, de momento solo han evaluado los efectos secundarios leves que aparece a las 24-48 horas después de la vacunación y la producción de anticuerpos neutralizantes. No sirven para evaluar esos posibles efectos secundarios graves que ocurren con muy baja frecuencia.  Para ello, lo mejor sería fijarse en los datos que ha proporcionado Reino Unido, donde ya han vacunado cerca de 6 millones de personas con la segunda dosis de AstraZeneca y han observados 6 casos de efectos adversos graves, menos de 1 por millón de vacunados. O simplemente seguir la recomendación de los expertos, la Agencia Europea del Medicamento (EMA), la OMS o el informe de diecisiete sociedades científicas que siguen recomendado dar la segunda dosis de AstraZeneca a menores de 60 años.

AstraZeneca sigue siendo una vacuna eficaz y segura. La pésima gestión (también de la propia empresa) y peor comunicación han generado un problema donde no lo había. Crea desconfianza y dudas en las vacunas entre la ciudadanía cuando el mensaje debería ser claro, contundente, único y transparente. Ahora, probablemente, donaremos de manera altruista y humanitaria a otros países menos desarrollados las dosis que nos sobren (ironía).

Este artículo me ha gustado:¿Segunda dosis de Pfizer o de AstraZeneca? Evidencias científicas para tomar una decisión. (El Diario.es, 21/5/2021, Esther Samper).

Crónica de una muerte anunciada

Entre todos la mataron y ella sola se murió

Agosto – Contrato de la UE con AZ (300 millones de dosis).

Enero 2021

28 de enero – AZ anuncia que no sabe ni cuándo ni cuántas dosis va a suministrar.

29 de enero – La Agencia Europea del Medicamento (EMA) autoriza su empleo en mayores de 18 años.

Febrero 2021

1 febrero – La UE firma un contrato por 40 millones de dosis.

5 de febrero – España aprueba su uso entre 18-55 años

8 de febrero – Llegan las primeras dosis a España. Sudáfrica suspende la vacunación con AZ por su baja eficacia con la variante sudafricana.

Marzo 2021

11 de marzo – Dinamarca suspende la vacunación por algunos casos de trombos. Otros países también. La EMA asegura que la vacuna es segura y recomienda seguir vacunado. En España, Sanidad anima a seguir la vacunación pero Andalucía y Castilla y León se desmarcan.

12 de marzo – AZ anuncia un recorte en el suministro.

16 de marzo – España y otros países europeos suspenden la vacunación con AZ.

22 de marzo – Italia descubre 29 millones de dosis de AZ  “escondidas”. AZ presenta un nuevo estudio que aumenta la eficacia hasta un 79% y añade más estudios sobre mayores de 65 años. El Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas de EE.UU. dice que este estudio está desfasado e incompleto. 

24 de marzo – España reanuda la vacunación con AZ a menores de 65 años.

25 de marzo – AZ rectifica el estudio y anuncia que la eficacia es del 76%.

30 de marzo – AZ decide cambiar de nombre: ahora es Vaxzevria. 

Abril 2021

6 de abril – AZ suspende los ensayos en niños en UK. Un funcionario de la EMA hace un “spoiler” y reconoce un posible vínculo entre trombos y la vacuna.

7 de abril – Informe de la EMA: posible vínculo entre trombos y vacuna, casos muy raros e infrecuentes, pero la vacuna es segura y eficaz. Valora riesgo-beneficio: recomienda seguir con la vacunación.

8 de abril – Sanidad suspende la vacunación (segunda dosis) en menores de 60 años. 

9 de abril – Sanidad decide vacunar con AZ  entre 60 y 69. Se publica el primer artículo en el NEJM que relaciona trombos y vacuna. 

14 de abril – Se publica el segundo artículo en el NEJM que relaciona trombos y vacuna. 

19 de abril – ISCIII comienza el ensayo CombiVacs.

23 de abril – Nuevo informe de la EMA: sigue recomendando la vacuna de AZ y segunda dosis.

28 de abril – Reino Unido publicado datos: 5,9 millones de vacunados con la segunda dosis de AZ y casos de trombos 1 por millón de vacunados. 

31 de abril – Llegan a España 1,5 millones de dosis de AZ.

Mayo de 2021

8 de mayo – Se cumple el plazo de 12 semana para la segunda dosis de AZ (según ficha técnica). Algunas CCAA solicitan a Sanidad administrar la segunda dosis de AZ a menores de 60 años. Cientos de miles de vacunas retenidas en los congeladores. 

10 de mayo – La UE rompe su contrato con AZ. Diecisiete sociedad científicas reclaman la segunda dosis opcional y voluntaria.

11 de mayo – Sanidad comienza la vacunación (segunda dosis) entre 60 y 69, el resto a la espera.

12 de mayo – The Lancet publica que combinar vacunas provoca efectos leves más frecuentes.

13 de mayo – Noruega elimina AZ de su estrategia de inmunización.

18 de mayo – Primeros resultados del ensayo CombiVacs: administra Pfizer como segunda dosis genera una mayor respuesta de anticuerpos neutralizantes. Los efectos secundarios a corto plazo son leves y muy similares a los observados tras la segunda dosis de AZ. El Ministerio decide que los menores de 60 años vacunados con AZ recibirán una segunda dosis de Pfizer. 

19 de mayo – Se propone que el ciudadano pueda elegir qué segunda dosis quiere ponerse: AZ o Pfizer.

                                                                                           … continuará.

La variante B.1.617 se detectó por primera vez en India en octubre del 2020. Que se describiera por primera vez en ese país no significa que ese sea su origen. Hasta la fecha se ha detectado ya en 21 países. Esta variante está catalogada, de momento, como variante en investigación * (ver Guía para entender los mutantes y variantes del SARS-CoV-2). Presenta 13 mutaciones que resultan en cambios de aminoácidos. Se ha descrito como un «doble mutante» para referirse a dos mutaciones concretas en la proteína S (la E484Q y la L452R) pero es un termino que debería evitarse porque, como hemos dicho, presenta muchas más mutaciones.

De todas las mutaciones las que preocupan son las que se encuentran en las posiciones 484, 452 y 681 de la proteína S. Las dos primeras se sitúan en la zona de unión al receptor (RBD), mientras que la tercera se localiza cerca del sitio de división de la furina de la proteína. Por eso se cree que podrían afectar a la interacción del virus con la célula.

• La mutación E484Q supone una sustitución del aminoácido glutámico -E- por la glutamina -Q- en la posición 484. Está en la misma posición que la mutación E484K descrita en las variantes B.1.351 (la “sudafricana”) y P.1. (la “brasileña”) y otras.
• La mutación L452R supone una sustitución del aminoácido leucina -L- por la arginina -R- en la posición 452. Es una mutación que también está presente en la variante B.1.429/427 de California.
• La mutación P681R supone la sustitución de una prolina -P- por una arginina -R- en la posición 681. En la variante B.1.1.7 (la “inglesa”) también hay una mutación en esa posición, pero en este caso es P681H. 

Es cierto que estas mutaciones en otras variantes se han relacionado experimentalmente con un aumento de la afinidad de la proteína del virus por el receptor ACE2 humano, y que podrían facilitar la entrada en la célula y aumentar así la infectividad. También se ha sugerido que, en algunos casos, los anticuerpos del plasma de pacientes convalecientes tenían un menor poder neutralizante contra estas variantes, lo que sugiere que las variantes del virus con estas mutaciones podrían escapar a los anticuerpos del sistema inmune. Esto, sin embargo, no quiere decir que necesariamente estas variantes vayan a “escapar” del control de las vacunas. En este momento no lo sabemos. 

Se necesitan más pruebas para comprender cómo pueden afectar esta combinación de mutaciones en la biología de la variante B.1.617 

En el mes de marzo, el Ministerio de Salud de la India publicó un informe en el que afirmaba que esta variante B.1.617. era predominante en la India, presente en un 60% de los aislamientos. Al mismo tiempo estamos viendo un aumento dramático de casos en ese país. ¿Es la nueva variante la causante de semejante explosión de COVID-19 en la India? De momento no lo sabemos. 

No sabemos cuántos aislamientos se están secuenciando ni si el ritmo de secuenciación ha aumentado. No podemos descartar que ahora se detectan más casos sencillamente porque se está secuenciando más. Como el número de secuencias disponibles es todavía bajo en relación con el número de casos en la India, debemos ser muy cautelosos. Si tenemos por ejemplo 1.000 secuencias de los aislamientos indios de cerca de 4 millones de casos, lo que estamos viendo no es representativo.

No sabemos si hay más casos porque la variantes es más infectiva o si se detectan más casos de esa variante porque ha aumentado la transmisión por otras razones. India tiene más de 1.400 millones de habitantes: mucha gente, muy junta y moviéndose, lo mejor para la transmisión por aerosoles de un virus respiratorio. No parece que en India se hubieran implementado estrictas medidas de confinamiento, higiene, distanciamiento social y uso de mascarillas. El sistema de salud seguro que tiene grandes deficiencias estructurales. Y, aunque el virus puede infectar a cualquier persona, los sectores más desfavorecidos siempre son mucho más vulnerables.

No obstante, debido al incremento de número de casos en India y que la variante B.1.617 es la predominante independientemente de que están circulando otras variantes más transmisibles, debemos estar vigilantes.

Todo esto lo que demuestra además es que el problema de la pandemia es global y que lo que ocurra en un lugar tan alejado como India nos puede llegar a afectar directamente. Las vacunas deber llegan a todas partes. Y dos lecciones más: hay que secuenciar el mayor número de aislamientos y hay que vacunar a toda prisa.

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Las nuevas variantes de SARS-CoV-2

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Te dejo aquí tres gráficos para comparar la situación en Israel (9 millones de habitantes) e India (1.400 millones de habitantes). Compara las tasas de vacunación, test y fallecimientos. ¡No todo lo que pasa en India es debido a las nuevas variantes!

(*) La OMS cataloga la variante B.1.617 como «variante de preocupación» (10/5/2021)

En las últimas semanas se han detectado unos pocos casos de trombosis en personas que habían recibido recientemente las vacunas de Oxford/AstraZeneca y  de Janssen (Johnson & Johnson), ambas basadas en vectores de adenovirus.

En Europa se han analizado 222 casos en 34 millones de vacunados con AstraZeneca y en EE.UU. seis casos en más de 6,8 millones de vacunados con Janssen. Algunas personas han fallecido. La frecuencia es tan baja que es difícil saber si existe alguna contraindicación o predisposición a padecer este efecto. La Agencia Europea del Medicamento (EMA) informó el 7/4/2021 que los coágulos de sangre inusuales con niveles bajos de plaquetas debían incluirse como un efecto secundario muy raro de la vacuna de AstraZeneca, pero que los beneficios de la vacuna continúan superando los riesgos y recordaba que la vacuna es eficaz para prevenir la COVID-19 y reducir las hospitalizaciones y las muertes.

La buena noticia de todo este culebrón con las vacunas es que el sistema de fármaco vigilancia está funcionando. Se han publicado ya tres artículos que analizan estos casos, sugieren una posible explicación y proponen cómo tratarlos y evitar su gravedad.

La mayoría se han descrito en mujeres menores de 50 años, pero como son tan pocos los casos no sabemos si realmente hay una predisposición o es porque se han vacunado más mujeres que hombres. Los casos se han dado como una respuesta inmune aguda, esto es, a los pocos días (antes de las dos semanas) de la primera dosis. Como hay muy pocas personas vacunadas con las dos dosis, todavía no se tiene información sobre el efecto de la segunda. Los síntomas que pueden alertarnos de que estamos ante uno de estos casos de trombosis asociada a la vacuna son dolor de cabeza intenso y continuo que no remite con analgésicos, más intenso cuando estamos tumbados y en un lateral de la cabeza, inflamación de las piernas, dolor abdominal y del pecho, dificultad para respirar, visión borrosa.

En uno de los artículos (1) han analizado los datos clínicos y de laboratorio de once pacientes de Alemania y Austria que desarrollaron trombosis o trombocitopenia a partir de los 5 a 16 días después de la administración de la primera dosis de la vacuna de AstraZeneca. Nueve de los pacientes eran mujeres, con una media de edad de 36 años. Seis murieron. El cuadro clínico después de la vacunación era similar a la trombocitopenia grave inducida por la heparina, una reacción adversa protrombótica, mediada por la activación de anticuerpos antiplaquetarios contra el complejo FP4-heparina. Cinco pacientes presentaron además coagulación intravascular diseminada. Los autores proponen el término VITT (del inglés, vaccine-induced immune thrombotic thrombocytopenia) para referirse a este tipo de trombosis: una trombosis (formación de coágulos de sangre) que cursa con una disminución de plaquetas (trombocitopenia) por una reacción autoinmne de anticuerpos que reaccionan contra las plaquetas, todo ello inducido por la vacuna.

En otro trabajo (2), publicado el mismo día, otros autores analizan los datos de cinco trabajadores de la salud de 32 a 54 años de edad (cuatro eran mujeres) que presentaron trombosis en sitios inusuales y trombocitopenia grave. Cuatro de los pacientes presentaron hemorragia cerebral importante y tres fallecieron. 

Y un tercer artículo, publicado como “Cartas al editor”, describe el caso de un paciente (mujer de 48 años) que había recibido la vacuna de Janssen y que presentaba los mismos síntomas que los anteriormente descritos.

Los tres artículos sugieren una hipótesis para explicar estos casos tan raros de trombosis asociadas a las vacunas con adenovirus. La vacunación podría dar lugar, con una frecuencia muy baja, al desarrollo de trombocitopenia trombótica autoinmune, similar clínicamente a la inducida por heparina (4). Las respuestas de tipo autoinmune son más frecuentes en personas jóvenes que mayores y en mujeres que en hombres. 

Según esto, un componente de la vacuna (se ha sugerido que podría ser el ADN del adenovirus vector u otro como el EDTA) reaccionaría con el factor plaquetario 4 (FP4, una pequeña proteína que actúa como citoquina) formando un complejo. Éste actuaría como inmunógeno y estimularía una reacción auto-inmune con la producción de anticuerpos contra este complejo. Los anticuerpos reaccionarían con las plaquetas vía el receptor Fc de la superficie, lo que promovería la agregación de la mismas, con la consiguiente disminución de las plaquetas circulantes (trombocitopenia). Se generarían así pequeños trombos y la activación de las plaquetas que, a su vez, acabaría en más trombos y fenómenos de coagulación sanguínea en otras zonas. 

Conocer el posible mecanismo permite detectarlo rápidamente. Los autores proponen el método ELISA para detectar esos anticuerpos contra el complejo FP4-vacuna. Además, este tipo de trombosis podría tratarse con una alta dosis de inmunoglobulinas por vía intravenosa para bloquear la unión del anticuerpo con el receptor Fc de las plaquetas y/o con anticoagulantes distintos de la heparina.

Saber qué está ocurriendo, entender el posible mecanismo que hay detrás, proponer una detección rápida y una posible solución. Así avanza la ciencia. Mientras, habrá que seguir vigilantes, pero como la frecuencia de estos casos graves es tan baja, la recomendación sigue siendo que aquí y ahora, el beneficio de estas vacunas supera al riesgo de estos efectos secundarios. Hay que tener más miedo al virus que a la vacuna.

(1) Thrombotic Thrombocytopenia after ChAdOx1 nCov-19 Vaccination. Greinacher, A., et al. NEJM, abril 9, 2021. DOI: 10.1056/NEJMoa2104840.

(2) Thrombosis and Thrombocytopenia after ChAdOx1 nCoV-19 Vaccination. Schultz, NH, et al. NEJM, abril 9, 2021. DOI: 10.1056/NEJMoa2104882.

(3) Thrombotic Thrombocytopenia after Ad26.COV2.S Vaccination. Muir, K-L., et al. NEJM, abril 14, 2021. DOI: 10.1056/NEJMc2105869.

(4) Trombocitopenia inducida por heparina. Cruz-González, I., et al. Revista Española de Cardiología. 2007. 60(10): 1071-1082. DOI: 10.1157/13111239.

Informe de la EMA (20/4/2021) sobre la vacuna de Janssen: los eventos de coágulos sanguíneos inusuales con plaquetas bajas en sangre deben incluirse como efectos secundarios muy raros de la vacuna. Se confirma que el beneficio-riesgo general sigue siendo positivo.

En Alemania están a disposición del público en farmacias, supermercados y otras grandes superficies comerciales

Los test para detectar el virus son una herramienta esencial en una situación de emergencia sanitaria, para controlar la COVID-19. Cada tipo de test tiene su función y utilidad. ¿Por qué los test de antígenos se están vendiendo ya en los supermercados de Alemania y aquí todavía ni siquiera están en las farmacias?

¿Cómo funciona un test de antígenos?

Este tipo de test confirman la presencia del virus al detectar sus proteínas o antígenos. Hay distintas técnicas o soportes, pero en definitiva más o menos todos tienen el mismo fundamento. En este ejemplo concreto explicamos cómo funciona un test cromatográfico. Se toma una muestra de la nariz con un bastoncillo o de la saliva, se añaden unas gotas de un reactivo que extrae las proteínas del virus, se mezcla bien durante uno o dos minutos. Con una pequeña pipeta de plástico se colocan dos o tres gotas de la muestra en la ventana “S” (sample) del dispositivo, y se esperan 15 minutos.

En la ventana “S” hay una pequeña esponja que se empapará con la muestra y los reactivos. La mezcla se moverá por capilaridad por la tira de papel. Ahí también hay dos componentes esenciales: una proteína marcada con látex poliéster de color verde que utilizaremos como control para comprobar que el sistema funciona bien, y un anticuerpo monoclonal contra la glicoproteína de la superficie de la envoltura del virus (la proteína S, spike), marcada en este caso con látex poliéster de color rojo.

En otra zona del dispositivo hay otra ventana con las letras “C” (control) y “T” (test). Ojo, la “C” es de control, ¡no de coronavirus! A esa altura del dispositivo, en “C” hay anticuerpos que se unirán específicamente con la proteína control, de forma que esta será capturada por los anticuerpos y quedará fija a ese nivel, dando lugar a una reacción anticuerpo-proteína que se manifestará como una línea de color verde (recuerda que en la proteína iban adheridas unas pequeñísimas bolitas de látex verde).  La aparición de una línea verde a nivel de la “C” significa por tanto que el control ha salido bien, que los reactivos del test han funcionado correctamente.

Por otra parte, en la zona del dispositivo donde aparece la “T” hay anticuerpos específicos contra la proteína S del virus. Si en la muestra había partículas virales, éstas se habrán unido a los anticuerpos marcados con látex poliéster de color rojo. Este complejo proteína del virus-anticuerpo marcado, se moverán por capilaridad hasta encontrarse con el otro anticuerpo contra la proteína del virus a nivel de la “T”. Se formará así un complejo tipo sándwich anticuerpo-antígeno-anticuerpo marcado, que dará lugar a una línea de color rojo a nivel de “T”.  Si en la muestra no había virus, no se dará toda esta reacción y no aparecerá ninguna banda a nivel de la “T”.

En conclusión, los resultados que podemos obtener son: 

– No aparece ninguna banda, ni en “C” ni en “T”: el control no ha funciona bien, luego el test es INVÁLIDO, no podemos concluir ningún resultado, ni negativo ni positivo.

– Banda de color verde en “C” y nada en “T”: el control funciona bien y no se detectan antígenos del virus, resultado NEGATIVO.

– Banda de color verde en “C” y banda de color rojo en “T”: el control funciona bien y se han detectado antígenos del virus, resultado POSITIVO.

– No aparece la banda de color verde en “C”, pero sí aparece la banda de color rojo en “T”: el control no ha funciona bien, luego el test también es INVÁLIDO, tampoco podemos concluir ningún resultado, ni negativo ni positivo, aunque haya salido la banda de color rojo en “T”. 

¿Por qué puede salir un resultado INVÁLIDO? Muy probablemente por un problema en los reactivos o mala práctica. Si no aparece la banda de color verde en el control, el test es inválido y no podemos sacar ninguna conclusión, independientemente de lo que salga en “T”. 

Si me ha salido NEGATIVO, ¿quiere decir que no estoy infectado? No. En la mayoría de los casos, desde que comienza la infección, hay unos días (cuatro o cinco) en los que la cantidad de virus en la muestra puede ser muy pequeña e insuficiente para que los detecte el test de antígenos. El límite de detección de antígenos es mayor que el límite de detección del ARN mediante PCR: hace falta una mayor carga viral para que el test de antígenos detecte al virus. Por lo tanto, el test de antígenos puede salir negativo, pero tú puedas estar infectado, en los primeros días de la infección e incluso ser contagioso. Un test negativo no es garantía de no estar contagiado y de no poder contagiar a otros. Si tienes dudas lo mejor sería repetir el test.

Si me ha salido POSITIVO, ¿qué significa y qué debería hacer? Significa, con una muy alta probabilidad, que estás contagiado con el virus. Tu carga viral es lo suficientemente alta como para que la detecte el test, por lo que además estarás en la fase más contagiosa, puedes transmitir la enfermedad con mucha facilidad aunque no presentes síntomas. Deberías aislarte inmediatamente, avisar a tu centro de salud para que te confirmen el resultado mediante una PCR (un test mucho más sensible) y avisar a tus contactos.

Como acabamos de ver las ventajas del test de antígenos es su rapidez y sencillez, no requiere reactivos caros, ni máquinas ni personal técnico altamente cualificado. Son mucho más baratos que la PCR. Los puedes hacer tu solito en casa. Sin embargo, los test rápidos de antígenos han sido motivo de cierta controversia por su baja sensibilidad comparada con la PCR. Sin embargo, cada vez hay más datos que demuestran su enorme potencial para controlar la pandemia.

¿Por qué pueden ser muy útiles para controlar la pandemia?

La detección del SARS-CoV-2 es fundamental para el control de la enfermedad y se ha basado, principalmente, en la RT-PCR cuantitativa (reacción en cadena de la polimerasa, con transcriptasa inversa). Esta PCR detecta el genoma del virus a partir de muestras nasales o de la farínge y lo amplifica en 30 a 40 ciclos, lo que permite detectar incluso un número mínimo de copias del ARN del virus. La PCR es una prueba clínica muy potente, sobre todo cuando un paciente está o fue recientemente infectado con el SARS-CoV-2. Los fragmentos de ARN del virus pueden permanecer durante semanas después de que se haya eliminado el virus infeccioso, a menudo en personas sin síntomas. 

(Fuente: @Guillermo4ldama)

Sin embargo, para las medidas de salud pública, se necesita otro enfoque. El objetivo no es saber si alguien tiene ARN del virus en la nariz, quizá de una infección anterior, sino si es infeccioso en este momento concreto. La mayoría de las personas infectadas con SARS-CoV-2 son contagiosas durante 4 a 8 días. Por lo general, las muestras no contienen virus potencialmente contagiosos (cultivo positivo) más allá del día 9 después de la aparición de los síntomas, y la mayor parte de la transmisión ocurre antes del día 5. Este momento se ajusta a los patrones observados de transmisión del virus (generalmente de dos días antes a 5-7 días después del inicio de los síntomas), de ahí viene la recomendación de los 10 días de aislamiento. Esa ventana de transmisibilidad contrasta con una media de 22–33 días en los que la PCR puede ser positiva (más tiempo con infecciones graves y algo más corto entre individuos asintomáticos). Esto sugiere que 50-75% de las veces que un individuo es positivo por PCR, es probable que sea post-infeccioso (se detectan restos del ARN del virus pero el virus no está activo).

La PCR amplifica, el test de antígenos no

Una vez que el sistema inmunológico ha controlado la replicación del SARS-CoV-2, los niveles de ARN detectables por PCR en las secreciones respiratorias caen a niveles muy bajos cuando los individuos tienen muchas menos probabilidades de infectar a otros. Las copias de ARN restantes pueden tardar semanas, incluso ocasionalmente meses, para desaparecer, tiempo durante el cual la PCR permanece positiva. Lógicamente, es esperable que una prueba como la de antígenos que detecta a alguien que pueda ser contagioso tenga una sensibilidad del 30-40% en comparación con la PCR, cuando se analiza una muestra aleatoria de personas asintomáticas.

Aunque los test de antígenos tienen una menor sensibilidad analítica que la PCR (requieren más cantidad de virus para que den positivo), su habilidad para detectar individuos con alta carga viral y por tanto contagiosos es tan alta como la PCR. Su especificidad (la capacidad de identificar correctamente los que no están infectados), es comparable a la PCR. 

(Fuente: @michaelmina_lab)

En esta imagen se resume un trabajo en el que se compara el resultado del test de antígenos, la PCR (el valor de Ct o ciclo en el que sale positivo) y el cultivo, que permite detectar la viabilidad del virus, en personas asintomáticas. Demuestra que el test de antígenos es capaz de detectar el 100% de las muestras PCR positivas con cultivo positivo, las que mayor carga viral tienen (Ct más bajo) y más contagiosas son (porque el virus está activo: son cultivo positivo).

Por lo tanto, si lo que quieres es identificar a un paciente que está infectado por el virus, para establecer si está enfermo o no en personas con o sin síntomas, necesitas una prueba muy sensible (que no de falsos negativos) y especifica (que no de falsos positivos). En este caso la prueba de elección sería la PCR, sin duda.

Pero si lo que buscas es detectar rápidamente a las personas más contagiosas (con o son síntomas) para evitar transmisiones, la PCR (una prueba cara y que tarda una media de 24-48 h) quizá no sea la mejor opción. En este caso el objetivo no es diagnosticar la enfermedad, sino detectar a los más contagiosos, los que tienen más virus. Para esto, el test de antígenos es la solución. Sí, es menos sensible que la PCR, pero su baja sensibilidad se compensa con la frecuencia de uso, por ser rápido, sencillo y barato. Además, recientemente se ha confirmado que la detección de SARS-CoV-2 en saliva tiene una alta tasa de concordancia con la de las muestras nasofaríngeas, y lo que es más importante que sólo el 2% de los individuos llevan el 90% de los viriones que circulan dentro de las comunidades (super-portadores y posiblemente también super-contagiadores), por eso es tan importante detectarlos a tiempo.

¿Qué es mejor un test con una sensibilidad del 100% como la PCR o un test de antígenos con una sensibilidad menor pero mucho más rápido y que puedo repetir frecuentemente?

Para detectar los contagiosos, un test rápido y frecuente

Además de los test de antígenos, hay ya otro tipo de tecnologías que permiten desarrollar test rápidos que se podrían hacerse de uso doméstico. Por ejemplo, la denominada amplificación isotérmica (LAMP, del inglés, loop-mediated isothermal amplification) está basada en técnicas moleculares y, a diferencia de la PCR, requiere sólo de una temperatura constante para la reacción de amplificación e identificación de un fragmento del material génico del virus. Este test es mucho más rápido que la PCR (menos de 30 minutos). Es también una técnica muy sensible. Ya hay varias compañías que comercializan esta tecnología en forma de kits portátiles. Desde Noviembre de 2020 la FDA aprobó el primer autotest para uso domiciliario basado en esta técnica, denominado Lucira, aunque todavía no está disponible comercialmente y se necesitará receta médica para su uso.

Vacunar, vacunar, vacunar y … test, test, test

Ya se venden en Farmacias test de embarazo, de ovulación, auto-test de VIH, y tiras reactivas para detección de nivel de glucosa (sin receta); test de anticuerpos Covid, test para celiacos, tiras infección orina (con receta), y auto-inyectables de insulina, heparina y glucagón (con receta). No solo las vacunas, sino también los test de antígenos domésticos para SARS-CoV-2 podrían cambiar el rumbo de la pandemia. 

Es cuestión de tiempo, pero acabaran en el mercado. Mi apuesta es inundar el mercado con auto-test de antígenos, hacer muchos y muy frecuentemente. Que se vendan en cualquier lugar, como ya ocurre en otros países, y que los podamos hacer de manera frecuente, varios a la semana para monitorizar el acceso a colegios, universitarios, centros sanitarios, lugares de ocio, reuniones, residencias, …. Si sale negativo, como ya hemos dicho, no quiere decir que no puedas contagiar. Pero si sale positivo, aislamiento inmediato.

También te puede interesar:

– Los test de antígenos

– Test, test, test: los tres test del coronavirus

Puedes consultar:

Clarifying the evidence on SARS-CoV-2 antigen rapid tests in public health responses to COVID-19. Mina, MJ,. y col. The Lancet. February 17, 2021.

Diagnostics for SARS-CoV-2 infections. Kevadiya, BD., y col. Nature Materials, February 15, 2021.

Comparison of Saliva and Nasopharyngeal Swab Nucleic Acid Amplification Testing for Detection of SARS-CoV-2. A Systematic Review and Meta-analysis. Butler-Laporte, G., y col. JAMA Intern Med. 2021;181(3):353-360.

NOTA (7/4/2021): La FDA ya autorizó al menos tres tipos de test de antígenos. En Alemania ya se venden en los supermercados, lo mismos en Portugal (sin IVA, por cierto). En Francia, Bélgica, Austria y Suiza se vende en farmacias sin receta. Reino Unido va a distribuir dos por semana gratis. El precio de un test en un laboratorio privado puede superar los 30 euros. En otros países se comercializan a 4-5 euros el test (aproximadamente).

Lista de test rápidos de antígenos evaluados por la Unión Europea

Hace unas semanas se produjo en Austria una alerta por una agrupación de dos casos graves (uno de ellos mortal) de fenómenos tromboembólicos poco frecuentes, coincidentes en el tiempo con la vacunación de Oxford/AstraZeneca. Esto motivó en este país la suspensión cautelar de la vacunación con un lote concreto. A partir de ese momento otros países notificaron casos similares, lo que propició una cascada de países que han suspendido temporalmente la vacunación (efecto dominó). En España ocurrió lo mismo, varias comunidades autónomas detuvieron la vacunación a pesar de que la autoridad encargada a nivel nacional de tomar esas decisiones no lo había recomendado. Finalmente, el Ministerio de Sanidad tomó la decisión de suspender la vacunación de forma preventiva. Sorprendentemente se decidió suspender la vacunación a pesar de los reiterados informes de la Agencia Europea del Medicamento (en inglés, EMA) y de la OMS, lo que demuestra que fue una decisión más política que técnica.

La vacuna de Oxford/AstraZeneca

La vacuna AZD1222 (también conocida como ChAdOx1) desarrollada por Oxford/AstraZeneca, así como la JNJ-78436735 (Ad26.COV2.S) desarrollada por Johnson & Johnson y la rusa Sputnik V (Gam-Covid-Vac), se basa en vectores de adenovirus. En este caso, el gen de la proteína S del virus se integra en el genoma de otro virus, un adenovirus, que actúa como vector o vehículo para inyectar el gen en el núcleo de la célula vacunada. Los adenovirus son un tipo de virus que causan catarros comunes. Estas vacunas utilizan una versión modificada de los adenovirus que los hacen inofensivos, pueden entrar dentro de las células pero no son capaces de replicarse. La vacuna de Oxford/AstraZeneca emplea un adenovirus de chimpancé (lo de “ChAd” viene de Chimpanzee Adenovirus), la vacuna de Johnson & Johnson emplea un adenovirus humano denominado Adenovirus 26 (Ad26), y la rusa Sputnik V es la combinación de dos adenovirus humanos diferentes, el Ad26 y el adenovirus 5 (Ad5).

Este tipo de vacunas han sido ensayadas anteriormente contra otros virus como el ébola, HIV y zika. Además son más resistentes que las vacunas ARNm, el ADN no es tan frágil como el ARN y va rodeado de la cubierta proteica del adenovirus vector que lo protege. Por eso, no requieren temperaturas de congelación para su almacenaje y resisten hasta seis meses a temperaturas de refrigeración (2-8ºC). Su fabricación puede ser más fácil y barata.

Una vez inyectadas en el músculo, el adenovirus se adhiere a la superficie de la célula y entra en su interior en forma de una vesícula. Dentro de la célula, el adenovirus escapa de esa vesícula, viaja hasta la superficie de la membrana nuclear donde inyecta su ADN en el núcleo de la célula. El adenovirus está modificado de forma que no puede multiplicarse, pero el gen de la proteína S del SARS-CoV-2 es reconocido por la maquinaria enzimática de la célula y se transcribe a ARNm. Este ARNm que lleva la información de la proteína S abandona el núcleo, es reconocido por los ribosomas y se sintetiza la proteína S, que migrará a la superficie de la célula de forma que las células vacunadas expondrán fragmentos de la proteína en su superficie, que serán reconocidos por el sistema inmune. Además, cuando esas células vacunadas se destruyan, los restos celulares que contendrán fragmentos de la proteína S activarán un tipo de células del sistema inmune denominadas células presentadoras de antígenos. Estás células serán las encargas de activar al resto de células inmunes, los linfocitos T que regulan la respuesta contra las células infectadas con el virus, y los linfocitos B que producirán los anticuerpos contra la proteína S.

La vacuna de Oxford/AstraZeneca requiere dos dosis, separadas varias semanas. Los ensayos clínicos se publicaron a principios de diciembre (ver referencia). Se ensayó en cerca de 24.000 voluntarios de Reino Unido, Brasil y Sudáfrica.  Se comprobó una eficacia para prevenir los casos graves y defunciones por la COVID-19 de hasta un 90%. Se describieron efectos secundarios adversos severos en 168 participantes, de los cuales solo uno fue claramente relacionado con la vacuna. Uno de los problemas de este ensayo es que incluyó un número bajo de personas mayores de 65 años, lo que ha motivado que algunos países hayan decidido emplear esta vacuna en menores de esa edad, a la espera de nuevos ensayos clínicos. 

La fase IV de farmacovigilancia

Cuando se autoriza el uso de un nuevo medicamento o vacuna, comienza la denomina fase IV de farmacovigilancia, un periodo durante el cual se vigila estrechamente la aparición de posibles efectos adversos muy poco frecuentes que no se detectaron en fases anteriores. Algunos efectos graves son tan poco frecuentes que solo se ponen de manifiesto cuando se vacunan a millones de personas. En cuanto ocurre algún caso se notifica y se investiga.

Los casos que ha habido son de trombos en los senos venosos cerebrales. Los síntomas son dolor de cabeza repentino y muy fuerte, suele afectar a un lado de cabeza, puede tener un efecto en la visión, de manera característica empeora el dolor al estar tumbado, no mejora, empeora con el tiempo y no responde a tratamientos analgésicos convencionales. Puede llegar a ser mortal. En la población  normal (no vacunados), es más frecuente en mujeres de menos de 55 años y se ha relacionado con diferencias hormonales y anticonceptivos orales. La frecuencia normal es de 1-2 casos por 100.000. En Europa se han vacuna con la vacuna de Oxford/AstraZeneca unos 20 millones de personas y se han detectado 18 casos de este tipo de trombos cerebrales, la mayoría en pacientes menores de 55 años y mujeres.

Se observa que el total de casos registrados de características similares es el esperable, es decir, que si no se hubiesen vacunado, se habría registrado un número similar de casos, por lo que la EMA ha mantenido desde el principio que se podía tratar de una coincidencia temporal y que, valorando el riesgo-beneficio, de momento había que continuar con la vacunación.

La vacuna no está asociada con un aumento en el riesgo general de coágulos sanguíneos

El sistema de farmacovigilancia está funcionando: calma y tranquilidad

Sin embargo, aunque la frecuencia es la misma que en la población sin vacunar, preocupa que han ocurrido en un periodo de tiempo corto y, sobre todo, que estos casos están asociado a una trombocitopenia (una disminución de plaquetas) que puede estar relacionada con alguna disfunción en el sistema inmune. Ya se han descrito efectos similares en la propia infección por el SARS-CoV-2. Por eso, la EMA propone seguir vigilantes y estudiar estos casos para determinar si puede haber algún tipo de relación causal: que la causa de estos efectos sea la vacuna, algo que todavía no se puede descartar. Hay que estudiar a fondo a quién, cuándo y cómo han ocurrido estos casos, si hay antecedentes clínicos, si estaban ya infectados por el SARS-CoV-2 sin saberlo, si estaban tomando otros medicamentos (o anticonceptivos orales), hacer un análisis estadístico, si es una reacción inmune adversa debida al vector o a la proteína S, etcétera. Se ha comprobado ya que no hay evidencia de que tenga relación con lotes específicos de fabricación de la vacuna.

Durante la pandemia tenemos que acostúmbranos a una continua valoración del riesgo-beneficio

El beneficio de la vacuna para combatir la pandemia continúa superando el riesgo de posibles efectos secundarios

Si se llegara a confirmar una relación causal entre la vacuna y este efecto adverso, las consecuencias dependerán de la gravedad y frecuencia. Si se sigue comprobando que la frecuencia es muy baja, se incluirá esa información en la ficha técnica de la vacuna y en las alertas de vacunación, y se continuará vacunando si el balance riesgo-beneficio sigue estando del lado de la vacunación. Si se identifica algún factor del paciente que predispone a que ocurra ese efecto adverso, esa información se incluirá como contraindicación en la ficha técnica de la vacuna. Solo si se demuestra que es muy frecuentes o muy grave y que no se puede prevenir, el balance riesgo-beneficio puede aconsejar retirar la vacuna, como ya ha ocurrido con otros medicamentos.

Y ahora, ¿qué?

El haber suspendido durante varias semanas la vacunación con Oxford/AstraZeneca (y el no retomarla de INMEDIATO) puede tener un efecto grave en el transcurso de la pandemia. Va a ser muy difícil cuantificar cuántos fallecimientos se han dejado de evitar por retrasar la vacunación. En un momento de tanta incertidumbre, en el que preocupa la extensión de nuevas variantes del virus más transmisibles y quizá más letales, en el que ya hablamos de cuarta ola, en el que hay escasez de vacunas, en el que necesitamos inmunizar al máximo número de personas posibles, retrasar la vacunación es una temeridad. Es cuestión de valorar el riesgo-beneficio: el riesgo de morir o enfermar por el coronavirus y de que continúe el caos en el que estamos inmersos sigue siendo mucho mayor que el posible beneficio de suspender cautelarmente la vacunación. A esto habría que añadirle el efecto con el propio papel de la EMA, ¿para qué sirve esta agencia si los gobiernos (incluso los autonómicos) decidieron tomar sus propias decisiones a pesar de las recomendaciones de esta agencia? ¿Para qué tenemos la EMA? Por último, ¿cómo afecta todo este tema a la confianza en las vacunas? 

Retrasar la vacunación  por un falso principio de precaución ha sido una temeridad.

Recomiendo leer «Crónica de un despropósito en diez capítulos y una conclusión» de @uhandrea 

Informe de la EMA del 18/3/2021, sobre la vacuna COVID-19 AstraZeneca: los beneficios aún superan los riesgos a pesar del posible vínculo con coágulos sanguíneos raros y bajo número de plaquetas en sangre.

Informe de AstraZeneca del 22/3/2021): 79% de eficacia para prevenir COVID-19 sintomático; 100% de eficacia contra enfermedades graves o críticas y hospitalizaciones; resultado de eficacia comparable en todas las etnias y edades, con 80% de eficacia en participantes de 65 años o más; reactogenicidad y perfil de seguridad general favorables.

Informe de la EMA del 7/4/2021: 

1. Los coágulos de sangre inusuales con niveles bajos de plaquetas deben incluirse como efectos secundarios muy raros de la vacuna.

2. La mayoría de los casos notificados han ocurrido en mujeres menores de 60 años dentro de las 2 semanas posteriores a la vacunación (primera dosis). No se han confirmado factores de riesgo específicos.

3. Frecuencia: 62 casos de trombosis del seno venoso cerebral y 24 casos de trombosis de la vena esplénica, 18 de los cuales fueron mortales, en 25 millones de vacunados. (La incidencia normal de este tipo de trombos es de 10-13 por millón de habitantes, según la Sociedad Española de Neurología).

4. Los beneficios de la vacuna continúan superando los riesgos. La vacuna es eficaz para prevenir la COVID-19 y reducir las hospitalizaciones y las muertes.

¿Muta mucho o poco el coronavirus? Mucho, … pero depende de con quién se le compare. El virus de la gripe y el VIH probablemente sean los campeones de la variabilidad. El virus de la gripe tiene el genoma ARN, y su ARN polimerasa es una enzima “muy torpe” que introduce muchos errores al hacer copias del genoma, errores que además no se reparan con la misma eficacia que en el caso de los virus con genoma ADN (la ADN polimerasa es una enzima con actúa con mayor precisión). Además, el virus de la gripe está formado por 7-8 fragmentos de ARN, que pueden mezclarse o recombinar entre sí con frecuencia cuando coinciden varios virus en una misma célula. Este virus es un virus de aves, frecuente en otros muchos animales, que actúan como almacén o fuente de nuevas cepas. Todo esto hace que sea uno de los virus con mayor frecuencia de mutación y recombinación (deriva y desviación antigénica, se denominan). Por su parte, el VIH también tiene genoma ARN, pero su replicación depende de una enzima viral, la retrotranscriptasa o transcriptasa inversa, que copia el genoma ARN en forma de ADN. Esta enzima es todavía más torpe, y mete más mutaciones al retrotranscribir el ARN. Además, el VIH, como el resto de retrovirus, es diploide, esto quiere decir que tiene dos copias idénticas de ARN, lo que también aumenta la capacidad de variabilidad del virus.

Comparado con estos dos campeones, los coronavirus mutan poco. Pero mutan, claro que mutan. También son virus con genoma ARN y también tienen una ARN polimerasa “torpe”. Pero su genoma es solo un fragmento de ARN “muy grande” de unos 30 kilobases (para un virus ARN un genoma de unas 30.000 pares de bases es mucho genoma). Como no pueden permitirse mucho errores, tiene una enzima cuya función es reparar los errores que comete la ARN polimerasa al hacer copias del genoma. En conclusión, los coronavirus también mutan y recombinan, menos que el virus de la gripe y los retrovirus, pero con una frecuencia que nos permite hablar de variantes genéticas. Algunos han calculado que esa frecuencia de mutación es de dos mutaciones al mes aproximadamente, esto supone que las variantes que ahora circulan pueden haber acumulado unas 26 mutaciones, respecto a la secuencia original del primer aislamiento de Wuhan. Hasta ahora se han descrito miles de mutantes, la mayoría sin ningún efecto o manifestación en el virus.

Es bastante evidente, pero cuando hablamos de mutaciones nos referimos al genoma ARN o ADN. Lo que muta son los ácidos nucleicos no las proteínas. La mutación ocurre en el genoma, pero se manifiesta en un cambio en las proteínas. Habrás leído, por ejemplo, sobre una mutación en la proteína S del coronavirus que la denominan N501Y. ¿Qué significa esto en realidad? Los números hacen referencia al número del aminoácido en la proteína y las siglas al tipo de aminoácido. En este caso concreto, ha habido una mutación en el gen que codifica (que lleva la información) para la proteína S, de forma que hay un cambio en el aminoácido nº 501 de la proteína, y se sustituye el aminoácido Asparragina (N) por la Tirosina (Y): N501Y.

Desde febrero del año pasado se vienen secuenciando genomas de SARS-CoV-2 lo que ha permitido seguir la evolución a tiempo real del virus y la aparición de nuevos mutantes. Hay ya más de 260.000 secuencias del genoma de SARS-CoV-2 disponibles en las bases de datos. Esas secuencias provienen de otros tantos aislamientos obtenidos de muestras humanas desde febrero del año pasado hasta el momento actual. Aunque los cambios de nucleótidos son la primera fuente de variación genética del SARS-CoV-2, también se han detectado inserciones, deleciones e incluso recombinaciones.

Estos análisis de las mutaciones permiten hacer filogenias (relaciones de “parentesco”) que pueden emplearse para hacer estimaciones temporales (cuándo surgen nuevas variantes), caracterizar cómo se extiende geográficamente el virus, reconstruir la dinámica epidemiológica dentro de una región y analizar cómo se adaptan a lo largo del tiempo. El análisis de las secuencias del SARS-CoV-2 no tiene precedentes, en la base de datos GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) son más de 700.000 datos de secuencias compartidas. Es la primera vez que se está siguiente a tiempo real la evolución de un virus pandémico.

Lo que interesa es estudiar qué mutaciones van apareciendo en el genoma de SARS-CoV-2 a lo largo del tiempo y qué efecto pueden tener. Como hemos dicho, los virus son nubes de mutantes y distinguimos variantes genéticas con diferencias en la secuencia del genoma debido a las mutaciones. Una variante, por tanto, habrá acumulado varías mutaciones en su genoma. El termino “cepa” se refriere a una variante genética en la que se demuestran cambios importantes en la biología del virus (antigenicidad, transmisibilidad, virulencia, …). De momento, del SARS-CoV-2 hablamos de variantes.

De todas las mutaciones las que más preocupan son las que afectan al gen que codifica para la proteína S, porque es la que interacciona con el receptor celular ACE2 (la puerta de entrada a la célula), lo que podría afectar a su transmisibilidad. Además, al ser la proteína más expuesta es también la más antigénica, sobre la que actúan los anticuerpos. La mayoría de las vacunas utilizan esta proteína como su estrategia para activar el sistema inmune. Interesa por tanto controlar el número de mutaciones que se van acumulando y el gen concreto al que afectan. Las mutaciones más relevantes en estos momentos son N501Y y E484K, en el gen de la proteína S. Están presentes en varias de las variantes genéticas y el hecho de que estén apareciendo de manera independiente en varios grupos o linajes sugiere que confieren una ventaja adaptativa al virus. Una curiosidad: algo muy típico de los anglosajones es ponerles nombre “familiares” a los mutantes más importantes. Por ejemplo, la mutación N501Y la llaman Nelly, a la mutación E484K Erik, Doug a D614G, Pooh a P681H, Leif a L18F, Karen a K417N, Kent a K417T, Sean a S477N, … Como ves todo muy “guay”.

Las mutaciones, y por tanto las nuevas variantes, irán a pareciendo de forma espontánea en cualquier lugar y en cualquier momento. Nos vamos a encontrar muchas variantes a lo largo del tiempo. Así, se van construyendo los árboles filogenéticos que muestran cómo evoluciona el genoma del virus y se diferencia en distintos grupos o linajes.

Evolución de los distintos linajes del SARS-CoV-2. Mutaciones más relevantes presentes en las variantes de mayor interés

Al estudiar las variantes distinguimos lo que se denomina Variante de Interés (VOI en inglés, variant of interest) de Variante Preocupante o de Importancia (VOC, variant of concern).

Una variante de interés es un aislamiento de SARS-CoV-2 que tiene un genoma con mutaciones que conducen a cambios de aminoácidos asociados con sospechas de implicaciones fenotípicas que además haya sido identificado como causante de transmisión comunitaria o haya sido detectado en varios países.

Una variante de interés pasaría a ser denominada variante preocupante o de importancia si se demuestra que además está asociada con un aumento de la transmisibilidad o cambio perjudicial en la epidemiología de COVID-19, un aumento de la virulencia o cambio en la presentación clínica de la enfermedad, o una disminución de la eficacia de las medidas sociales y de salud pública (diagnóstico, tratamientos y vacunas). En los últimos meses, se han ido encontrado nuevas variantes que preocupan porque que son más infectivas, es decir que una persona necesita inhalar menos virus para infectarse, otras variantes que son más transmisible, que significa que aumentan la cantidad de virus que desprende una persona, y otras que parecen tener más facilidad para evadir los anticuerpos del sistema inmune. Las variantes que podríamos clasificar de preocupantes en este momento son la británica (B.1.1.7), la brasileña (P.1), y la sudafricana (B.1.351). Aquí te cuento un poco más sobre estas tres variantes.

Las variantes surgen en cualquier momento y en cualquier lugar, detectarlas depende de nuestra capacidad de buscarlas, de detectarlas por secuenciación. Cómo era de esperar, desde hace unas semanas se han ido describiendo otras variantes de interés por distintas partes del planeta. Así, se habla de la variante B.1.429/427 de California, que parece que es algo más transmisible pero no hay datos, de momento, que la asocien con una mayor virulencia y escape inmune; la B.1.526 de Nueva York, también quizá más transmisible y que preocupa porque ha aparecido en un área donde había un alto nivel de inmunidad (esa ciudad fue uno de los focos de la pandemia en EE.UU la primavera pasada); y otras, como la P.2 (brasileña de Río de Janeiro), B.1.525 (o nigeriana), VOC 202102/02 (muy similar a la británica), C.16 (de Portugal) y A.23.1 (detectada en Reino Unido), … de momento.

Mutaciones en el gen S de algunas de las variantes del SARS-CoV-2

¿Qué se vigila en una nueva variante?: 

1) el número de mutaciones (si tiene muchas) y dónde las tiene; 

2) si aumenta rápidamente su frecuencia entre la población; 

3) si presenta las mismas mutaciones que otras variantes, lo que puede sugerir, como hemos comentado, un fenómeno de evolución convergente y ventaja adaptativa; y 

4) si se extiende en áreas donde ya hay un alto nivel de inmunidad contra el SARS-CoV-2 (porque haya habido un alto nivel de infección natural o alta cobertura vacunal).

Solo la vigilancia e investigación demostrarán si estas nuevas variantes pasan a la siguiente categoría de variantes de preocupación. Hacen falta evidencias científicas que demuestren qué efecto pueden tener estas nuevas variantes en la infectividad, transmisibilidad y evasión del sistema inmune.

Un término que han acuñado en inglés es el de “scariants”, que podríamos traducir como “variante terrorífica”, y hace referencia a esas variantes de las que en realidad todavía tenemos muy pocos datos experimentales y sabemos muy poco, pero que son noticia en la prensa y alarman sugiriendo que van a suponen volver al inicio de la pandemia. ¿Podría ocurrir? No lo sabemos, pero normalmente transmisibilidad y letalidad no suelen evolucionar a la vez. Recordemos que el virus, independientemente del tipo de variante, ya es muy contagioso y peligroso y las medidas que tenemos que tomar contra las nuevas variantes son las mismas que contra el virus “nativo”: evitar contagios y vacunar. 

La variante más contagiosa B.1.1.7 se extiende rápidamente por EE.UU. al mismo tiempo que disminuyen los casos de COVID.19 (Fuente: The New York Times).

El efecto que puedan tener las variantes en el desarrollo de la pandemia todavía es incierto, estamos en un momento delicado de incertidumbre. Es pronto todavía para saber cómo estas variantes podrían influir en la efectividad de las vacunas, aunque haya datos de que los anticuerpos de personas vacunas reaccionen algo menos con estas variantes. Hay que tener en cuenta que las vacunas no solo inducen anticuerpos neutralizante sino que además activan la inmunidad celular, que en el caso de los coronavirus juega un papel más importante que los anticuerpos. Se acaba de publicado un trabajo (todavía como pre-print) cuyos resultados demuestran que la respuesta inmune celular (dependiente de linfocitos T CD4 y CD8) de personas que han pasado la COVID-19 o han sido vacunadas con las vacunas de ARNm no se ve afectada por las nuevas variantes del SARS-CoV-2.

De momento, dediquemos el tiempo a secuenciar e investigar y a evitar que se extienda el virus. Cuanto más gente infectada haya, más virus habrá en el ambiente y más posibilidad de que surjan nuevas variantes, por eso, vacunar, vacunar, vacunar.

Covid-19 new variants—known unknowns. Webinar MUY INTERESANTE del 21/04/2021 del blog thebmjopinion.

Para más información: 

Circulación de variantes de SARS-CoV-2 de interés para la salud pública en España (4/3/2021).

1. Hay más artículos sobre SARS-CoV-2 y COVID-19 que sobre malaria.

Hace un año nos asombrábamos que en poco más de un mes desde que se notificaron los primeros casos ya había más de 164 artículos científicos en PubMedsobre el nuevo virus y la enfermedad. Ahora esa cifra se ha multiplicado por más de 600, superando los 100.000 artículos, más que los que aparecen bajo el epígrafe de “malaria”, por ejemplo. Existen registrados más de 4.800 estudios en curso sobre tratamientos y vacunas. Sabemos más de SARS-CoV-2 y COVID-19 que de otras enfermedades que llevamos lustros estudiando.

Puedes consultar:

The Medical Letter on Drugs and Therapeutics (Treatments considered for COVID-19).

COVID-19 Global literature on coronavirus disease, WHO.

COVID-19 Vaccine & Therapeutics Tracker.

2. Más de 200 nuevas vacunas.

Hace un año se destacaba que había ocho nuevos proyectos sobre vacunas contra el coronavirus SARSCoV-2. Según el portal bioRENDER son más 195 candidatos, al menos 71 ya en ensayos clínicos, empleando todo tipo de tecnologías: virus vivos atenuados, virus inactivados, subunidades de proteínas, vectores virales recombinantes, partículas similares a virus (VLP), DNA, RNAm, etc. Jamás se había invertido tanto dinero y había habido tanta colaboración para el desarrollo de vacunas entre entidades públicas, privadas, centros de investigación, universidades, farmacéuticas, empresas, ONGs. Algunos proyectos se han abandonado (como la propuesta del Imperial College London/Morningside Ventures basada en RNA auto-replicante, las de Merck/ Themis Bioscience/Institut Pasteur y Merck/ IAVI basadas vectores virales recombinantes, o la de la universidad australiana de Queensland que combinaba proteínas con adyuvantes), pero otras ya están autorizadas por la OMS: Pfizer/BioNTech y Moderna con tecnología RNAm, AstraZeneca/Oxford y Sputnik V con tecnología de adenovirus recombinantes y la china Sinopharma, con coronavirus inactivos. Al menos otras 20 vacunas están ya en ensayos clínicos de fase III y en los próximas semanas/meses podrán ser aprobadas, si los resultados son satisfactorios.

Puedes consultar:

Draft landscape and tracker of COVID-19 candidate vaccines.

Challenges in ensuring global access to COVID-19 vaccines: production, affordability, allocation, and deployment. The Lancet, February 12, 2021.

Coronavirus Vaccine Tracker (New York Times).

3. Las vacunas de RNAm son muy seguras.

Uno de los posibles efectos graves de las vacunas es la anafilaxis, una reacción alérgica que pueda llegar a ser mortal y que ocurre normalmente al poco tiempo de administrar la vacuna. Se han analizado datos del primer mes de vacunación en EE.UU., donde se han administrado más de 17,5 millones de dosis (exactamente 9.943.247 de la vacuna de Pfizer/BioNTech y 7.581.429 de la de Moderna). El Sistema para Reportar Reacciones Adversas a las Vacunas (VAERS, por sus siglas en inglés) ha registrado solo 66 casos de anafilaxia (47 con la vacuna de Pfizer/BioNTech y 19 con la de Moderna). Esto supone menos de 4 casos por millón de dosis o el  0,0003% de todas las dosis analizadas. Veintiuno (el 32%) de esos 66 casos había tenido casos previos de anafilaxia por otros motivos. No se ha detectado ningún fallecimiento. Si se compara con el número de casos de COVID-19, las secuelas que deja la enfermedad y el número de fallecimientos, el beneficio que suponen las vacunas supera enormemente los posibles efectos adversos, y permite afirmar que, de momento, las vacunas de RNAm son muy seguras.

Puedes consultar:

Reports of Anaphylaxis After Receipt of mRNA COVID-19 Vaccines in the US—December 14, 2020-January 18, 2021. JAMA, February 12, 2021.

4. Las vacunas son efectivas.

Israel es el país que mayor población tiene ya vacunada. A principio de febrero, más de 3,67 millones de israelíes había recibido la primera dosis de la vacuna de RNAm de Pfizer/BioNTech, desde que comenzó la campaña en Diciembre. Esto representaba cerca del 40% de la población del país. Más del 28% había recibido además la segunda dosis. Entre los mayores de 60, más del 80% había sido vacunados. Los datos preliminares muestran que la vacunación está siendo efectiva. El número de infecciones está disminuyendo de forma significativa, especialmente entre las personas mayores de 60. En este grupo de edad, ha habido un 56% menos de infecciones y un 42% menos de hospitalizaciones y un 35% menos de fallecimientos por COVID-19 después de la segunda dosis. Los resultados con las dos dosis son excelentes: de los 523.000 israelíes vacunados con dos dosis solo hay 544 casos de COVID-19, tan solo 4 casos de COVID-19 grave y cero fallecimientos. Estos datos confirman los obtenidos en los ensayos clínicos previos.

Pero no hay que irse hasta Israel, en Asturias el pasado día 15 de febrero se había sobrepasado la cifra de 2.000 personas fallecidas por COVID-19 desde el inicio de la pandemia. Entre ellas, había una gran proporción de personas con domicilio en residencias de mayores, donde el impacto ha sido muy considerable. Sin embargo, en estos momentos la situación comienza a estar relativamente controlada gracias a los esfuerzos vacunales dirigidos específicamente a las personas residentes y trabajadores que los atienden. El efecto de la vacuna queda de manifiesto al comparar la mortalidad entre personas mayores con domicilio en residencias (casi todas vacunadas) en las que desciende bruscamente y el número de fallecidos en personas con domicilio fuera de ellas (no vacunadas) entre las que aumenta considerablemente.

Y no solo eso, se acaban publicar los resultados de un estudio preliminar en Inglaterra en el que demuestran que la vacuna de RNAm de Pfizer/BioNTech es efectiva para prevenir la infección en adultos sintomáticos y asintomáticos, incluso contra la variante “británica” B1.1.7. 

Puedes consultar:

Patterns of COVID-19 pandemic dynamics following deployment of a broad national immunization program, Februery 9, 2021.

Vaccinations and the impact of COVID-19 – our continuously-updated data for Israel (Our Word in Data).

Mortalidad con coronavirus en Asturias, 2020 Informe #29: 17.02.2021.

Effectiveness of BNT162b2 mRNA Vaccine Against Infection and COVID-19 Vaccine Coverage in Healthcare Workers in England, Multicentre Prospective Cohort Study (the SIREN Study). The Lancet, February 22, 2021.

5. La confianza en las vacunas aumenta.

Después de más de 160 millones de dosis de vacunas frente a la COVID-19 administradas, la confianza de la población en las vacunas va en aumento. por ejemplo, se ha realizado una encuesta a 13.500 personas de quince países de Europa, Asia y Australia entre noviembre del 2020 y enero de 2021. En el mes de noviembre, antes de que los países comenzaran a aprobar las vacunas, solo cerca del 40% de los encuestados se pondrían la vacuna contra la COVID-19 y más del 50% estaban preocupados por los posibles efectos secundarios. Para el mes de enero, más de la mitad se pondrían la vacuna y el número de personas preocupadas por los efectos secundarios había disminuido ligeramente.

Reino Unido fue el país en el que más gente se manifestó dispuesta a vacunarse (hasta un 78% de los encuestados) y en España la proporción de gente dispuesta a vacunarse pasó de un 28% en noviembre a un 52% a mediados de enero.

Puedes consultar:

Trust in COVID vaccines is growing. Nature, February 10, 2021.

6. La respuesta inmune frente al virus dura al menos ocho meses.

Los test serológicos que miden anticuerpos frente al SARS-CoV-2 no refleja todo el potencial, la duración y la memoria de la respuesta inmune frente al virus. Conocer cuánto dura la respuesta inmune frente al virus es fundamental para determinar la protección frente a las reinfecciones, la gravedad de la enfermedad y la eficacia vacunal. Se ha comprobado que, aunque hay cierta heterogeneidad en la respuesta según cada individuo, en la mayoría de las personas en las que se ha analizado mantienen una robusta respuesta inmnune humoral (anticuerpos) y celular (linfocitos T), de hasta 6-8 meses después de la infección, independientemente de que sean leves o graves.

Puedes consultar:

Immunological memory to SARS-CoV-2 assessed for up to 8 months after infection. Science, February 5, 2021.

Persistence of SARS-CoV-2 specific B- and T-cell responses in convalescent COVID-19 patients 6-8 months after the infection. Cell, February 3, 2021. 

7. Nuevos tratamientos frente a los casos más graves.

Ya sabemos que la COVID-19 es mucho más que una neumonía. Se conoce mucha más de la enfermedad y, aunque no dispongamos de momento, de un antiviral específico que inhiba el virus, hay combinaciones de tratamientos que mejoran mucho el pronóstico y reducen la mortalidad de los casos más graves: antivirales, antiinflamatorios, anticoagulantes, corticoides, inhibidores de la tormenta de citoquinas, anticuerpos monoclonales, … Existen más de 400 ensayos clínicos en curso en los que se están probando distintos tratamientos y combinaciones. Por ejemplo, según el ensayo clínico internacional Recovery, la combinación de tocilizumab (un anticuerpo monoclonal dirigido contra el receptor de la interleukina-6, aprobado para el tratamiento de la artritis reumatoide) y la dexametasona (un potente glucocorticoide sintético que actúa como antiinflamatorio e inmunosupresor), puede reducir a casi la mitad las muertes en los pacientes más graves con COVID-19.

Por otra parte, el tratamiento preventivo con anticoagulantes en pacientes con COVID-19 hospitalizados, se asocia con un 30% menos de mortalidad a 30 días, y sin efectos adversos de sangrado.

Puedes consultar:

RECOVERY trial shows tocilizumab reduces deaths in patients hospitalised with COVID-19, NIHR, February 11, 2021.

Early initiation of prophylactic anticoagulation for prevention of coronavirus disease 2019 mortality in patients admitted to hospital in the United States: cohort study, BMJ, February 11, 2021.

COVID-19 Research Registry – Treatment (ASM).

8. No hay gripe

Existía una seria preocupación sobre cómo se iba a comportar el solapamiento de SARS-CoV-2 con otros patógenos respiratorios frecuentes en los meses de invierno. No se podía descartar una situación de “tormenta perfecta” en la que coincidieran SARS-CoV-2 con otros virus, como el de la gripe o el respiratorio sincitial, que causan bronquiolitis y neumonías y son responsables de frecuentes hospitalizaciones y muertes en determinados sectores de la población más vulnerable. Se había sugerido que el riesgo de muerte en personas infectadas por gripe y SARS-CoV-2 de forma simultánea era superior que en aquellas que solo estaban infectadas por el coronavirus, especialmente en mayores de 70 años. La coincidencia de varios virus respiratorios con el SARS-CoV-2 podría haber causado una auténtica carnicería en las personas mayores.

La buena noticia es que esta temporada la gripe y otros virus respiratorios han desaparecido, tanto en los meses de junio-agosto en el hemisferio surcomo ahora en el hemisferio norte. No podemos descartar que esto pueda suponer quizá un problema el año que viene (las temporadas en las que la gripe causa mayor mortalidad suelen estar precedidas de temporadas más benignas), pero este año ha supuesto un verdadero alivio a los sistemas sanitarios.

Varias son las causas que pueden explicar este declive de la gripe. Primero conviene recordar que el SARS-CoV-2 y el virus de la gripe son virus muy diferentes. 

Es muy probable que el menor periodo de incubación de la gripe, la existencia de inmunidad previa, la intensa campaña de vacunación de este año, las medidas de confinamiento, disminución de viajes, uso de mascarilla, higiene, distanciamiento social, etc. hayan tenido un mayor efecto en disminuir la transmisión de este virus. Por el contrario, en la transmisión del coronavirus además influyen mucho más el efecto de los aerosoles, el papel de los superpropagadores y los asintomáticos.

9. Podemos seguir la evolución del virus a tiempo real.

El efecto que puedan tener las nuevas variantes genéticas del SARS-CoV-2 en la vacunación y en el transcurso de la pandemia es una incertidumbre.  Debido a que los cambios genéticos pueden tener un potencial efecto en cómo se comporte el virus, su análisis y seguimiento es fundamental. La buena noticia es que hoy tenemos la capacidad de seguir la evolución a tiempo real del virus y la aparición de nuevas variantes genéticas. Hay ya más de 260.000 secuencias del genoma de SARS-CoV-2 disponibles en las bases de datos. Esas secuencias provienen de otros tantos aislamientos obtenidos de muestras humanas desde febrero del año pasado hasta el momento actual. Aunque los cambios de nucleótidos son la primera fuente de variación genética del SARS-CoV-2, también se han detectado inserciones, deleciones e incluso recombinaciones.

Todo esto permite hacer filogenias (relaciones de “parentesco” entre las variantes virales) que pueden emplearse para hacer estimaciones temporales (cuándo surgen nuevas variantes), caracterizar cómo se extiende geográficamente el virus, reconstruir la dinámica epidemiológica dentro de una región y analizar cómo se adaptan a lo largo del tiempo. El análisis de las secuencias del SARS-CoV-2 no tiene precedentes, en la base de datos GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) son más de 580.000 datos de secuencias compartidas. Es la primera vez que se está siguiente a tiempo real la evolución de un virus pandémico.

Puedes consultar:

Insights from SARS-CoV-2 sequences. Science, January 29, 2021.

SARS-CoV-2 Proteome-3D Analysis (University of Cambridge).

CoVariants (Institute of Social and Preventive Medicine, University of Bern).

10. La pandemia a nivel mundial decrece.

No sabemos cómo se desarrollará la pandemia en los próximos meses. Dada la intensidad que ha tenido hasta ahora es probable que haya nuevas olas, pero quizá de menor intensidad. No sabemos cómo será una posible cuarta ola, ni el efecto que puedan tener las nuevas variantes genéticas que van apareciendo, pero la buena noticia es que a nivel global la pandemia en este momento decrece.

(Fuente)

Quizá sea un combinación de varios factores: el virus se comporta de forma estacional, la población va adquiriendo cierta inmunidad de grupo por infección natural o por las vacunas, quizá el virus en ese proceso natural de variación y mutación va derivando a formas menos virulentas y se va adatando a su nuevo huésped. No lo sabemos a ciencia cierta, pero de momento sigue habiendo motivo para la esperanza.

En las últimas semanas se está hablando mucho de las nuevas variantes del SARS-CoV-2. ¿Qué sabemos hasta ahora?

Mejor hablamos de variantes genética, no de cepas. Variante implica diferencias en la secuencia del genoma, debido a mutaciones. Cepa es una variante en la que se demuestran cambios importantes en su biología (antigenicidad, transmisibilidad, virulencia, …).

Los virus mutan constantemente, viven mutando. Una población de virus es una nube de mutantes, con pequeñas diferencias genéticas. Se han detectado ya varios miles de mutantes de SARS-CoV-2, la mayoría sin ningún efecto.

Se ha calculado que la frecuencia de mutación del SARS-CoV-2 es de dos mutaciones al mes aproximadamente, esto supone que las variantes que ahora circulan pueden haber acumulado unas 22 mutaciones, respecto a la secuencia original del primer aislamiento de Wuhan.

De todas las mutaciones las que más preocupan son las que afectan al gen que codifica para la proteína S, porque es la que interacciona con el receptor celular ACE2 (la puerta de entrada a la célula). Además, al ser la proteína más expuesta es también la más antigénica, sobre la que actúan los anticuerpos. La mayoría de las vacunas utilizan esta proteína como su estrategia para activar el sistema inmune.

En las últimas semanas se han detectado nuevas variantes con distintas mutaciones en el gen S. Probablemente la presión a la que estamos sometiendo al virus (personas que ya tienen anticuerpos porque han pasado la infección, medidas para evitar la transmisión, las vacunas, …) esté forzando a que se seleccionen mutantes más transmisible. O quizá simplemente sea un fenómeno al azar.

Las tres variantes que más preocupan en este momento son:

Las mutaciones en la proteína S de las tres variantes B.1.1.7, B.1.351 y P.1. En la parte superior se muestra un esquema de la organización del genoma de SARS-CoV-2. Debajo se detalla la proteína S, con sus dos dominios S1 y S2, la región especifica de unión al receptor (RBD, Receptor Binding Domain, en el dominio S1) y la zona de corte por furina. Las mutaciones 69/70 y Y144 son deleciones en la variante B.1.1.7. En rojo se señalan las mutaciones más importantes. Algunos le han puesto apodo a las mutaciones: Nelly a la mutación N501Y y Erik a la E484K. Los números hacen referencia al número del aminoácido en la proteína y las siglas al tipo de aminoácido. Así, por ejemplo, N501Y significa que en la posición 501 se ha sustituido el aminoácido Asparragina (N) por la Tirosina (Y). Otras letras: A, alanina; R, Arginina; D, ácido aspártico; C, cisteína; Q, glutamina; E, ácido glutámico; G, glicina; L, leucina; K, lisina; M, metionina; F, fenilalanina; P, prolina; H, histidina; T, treonina; I, isoleucina; S, serina; W, triptófano; V, valina. (Figura elaboración propia)

B.1.1.7, denominada variante “inglesa”, porque se detectó por primera vez en el Reino Unido en septiembre de 2020 (otras denominaciones VOC 202012/01, 201/501Y.V1). Desde entonces se ha detectado en 62 países (OJO, la extensión depende mucho de la capacidad de secuenciación de cada país: si no se busca no se encuentra). Tiene unas 17 mutaciones, de las cuales 9 están en el gen S. Las que más preocupan son la mutación N501Y que afecta a la región de unión al receptor (RBD), la deleción 69/90 porque causa un cambio en la conformación de la proteína y la P681H porque está cerca de la zona de corte S1/S2 por furina. Se ha sugerido que esta variante es más transmisible (se transmite de forma más eficiente y más rápido) y que hay una probabilidad real de que sea más letal. No parece que afecte de momento a la reactividad con anticuerpos ni a las vacunas actuales. NOTA (4/2/2021): ya se han detectado en Reino Unido algunos aislamientos de esta variante que han adquirido la mutación E484K (ver más adelante).

B.1.351, denominada variante “sudafricana”, porque se detectó por primera vez en Sudáfrica en octubre del 2020 (otras denominaciones 20C/501Y.V2). Se ha detectado en al menos 26 países. Tiene unas 21 mutaciones, de las cuales 9 están en el gen S. Comparte algunas mutaciones (como la N501Y) con la variante “inglesa”, pero preocupa porque además tiene otras mutaciones en la misma región RBD: E484K y K417N. La mutación E484K supone un cambio de aminoácido asociado a un cambio de carga (un aminoácido con carga negativa se sustituye por otro con carga positiva). Esto, junto con la mutación N501Y, puede afectar a la unión del virus a la célula. De momento, no hay datos sobre su transmisibilidad y no sabemos si es más virulenta, pero preocupan algunos datos preliminares que sugieren que podría escapar de la neutralización por anticuerpos tras una infección natural o la vacunación.

P.1., denominada variante “brasileña”, porque se detectó a principios de año en Japón en cuatro viajeros procedentes de Brasil (otras denominaciones 20J/501Y.V3, B.1.1.28.1). Tiene unas 17 mutaciones, de las cuales 10 están en el gen S. Se ha detectado en al menos 7 países. Presenta también las mutaciones N501Y y E484K y otra similar K417T. No hay datos, de momento, sobre su transmisibilidad, virulencia o reacción con anticuerpos. Recientemente se ha descrito en la región de Manaus (Brasil) una alta incidencia de reinfecciones. En esa región hasta un 76% de la población había sido infectada por el virus en la primera oleada, y ahora se han detectado algunas reinfecciones por esta variante. Sin embargo no se puede descartar que las reinfecciones no sean debidas a las propiedades de la variante, si no a otras circunstancias, como la falta de medidas para evitar el contagio.

La aparición de nuevas variantes no debe sorprendernos, es evolución en estado puro. Conforme le “metemos” más presión al virus, este sigue evolucionando y se van seleccionando aquellas variantes que escapan de ese presión. Es por tanto muy probable que en las próxima semanas o meses vayan apareciendo incluso nuevas variantes. De hecho ya se han descrito algunas nuevas: COH.20G/501Y y S Q677H, en EE.UU.; L452R en EE.UU. y en Europa. Por eso, denominarlas como variantes «inglesa», «sudafricana» o «brasileña» no tienen mucho sentido. La detección de las variantes depende de la capacidad de secuenciación de cada país. Irán apareciendo nuevas y es fundamental incrementar la vigilancia y la secuenciación de los aislamientos, para identificar qué variantes están circulando en cada país y poder hacer un seguimiento de los nuevos mutantes. Dudo de que las medidas como el cierre de fronteras con países concretos (o la cancelación de vuelos internacionales) tenga sentido y evite la extensión de estas variantes, que pueden surgir en cualquier sitio. Es necesario investigar qué efecto pueden tener estas variantes en la virulencia del virus y si se relaciona con una mayor gravedad de la enfermedad, o con un mayor número de reinfecciones.

Es pronto todavía para saber cómo estas variantes podrían influir en la efectividad de las vacunas. Hay que tener en cuenta que la mayoría de las vacunas inducen anticuerpos neutralizante contra varias zonas de la proteína S, además de activar la inmunidad celular (que en el caso de lo virus es esencial), así que es improbable que una mutación puntual pueda cambiar la efectividad de las vacunas. Sin embargo, la acumulación de mutaciones en zonas criticas de la proteína S, como la RBD u otras que pueden cambiar la conformación de la proteína, sí que pueden disminuir la eficacia de las vacunas. Es algo que habrá que seguir evaluando muy de cerca.

Por último, todo esto refuerza la idea de la importancia de las medidas de contención del virus. En este sentido, retrasar las vacunaciones (por falta de suministro o por una gestión deficiente) no es una buena noticia: cuanto antes vacunemos a la población mucho mejor, tener grupos sin vacunar o mal vacunados podría favorecer la aparición de nuevas variantes. Además de la «presión selectiva» también hay tener en cuenta el número. A una misma tasa de mutación, cuantos más viriones haya, más mutantes habrá. Por lo tanto, cuántos más infectados haya, muchos más millones de partículas virales habrá, y muchos más mutantes se generarán. Si el mutante aparece en un individuo que no infecta, desaparece. Pero si aparece en uno que infecta, se expande. Más infectados, más mutantes. Esta es otra razón para que vacunemos y disminuya el número de infectados: a mayor número de infectados más probabilidades hay de que aparezcan variantes mutantes severas. Mantengamos las normas y evitemos infectar a otros. 

Te recomiendo un par de páginas espectaculares con toda la información detallada sobre el genoma, las mutaciones y la variantes genéticas de SARS-CoV-2:

– SARS-CoV-2 Proteome-3D Analysis (University of Cambridge)

– CoVariants (Institute of Social and Preventive Medicine, University of Bern)

NOTA: me comentan varios veterinarios que éste es el problema de las vacunas contra coronavirus en animales. Aunque digamos que los coronavirus mutan «menos» que los virus de la gripe o el VIH, eso no quiere decir que no muten. Por eso, la revacunación en el mundo animal es frecuente. 

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